如何可视化生成的RNA二级结构

Question

我正在研究一种可视化RNA二级结构的工具，为此我已经实现了Nussinov的算法，该算法生成RNA二级结构作为列表及相应的索引，代码可以在这里找到[0]

[0] http://dpaste.com/596262/

但我真的坚持理解我应该如何将其可视化（作为平面图），上面的代码给出了二级结构的顺序列表，所以有人可以建议我如何可视化结构。这种工具的例子可以在这里找到[1]

[1] http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi

而且我知道有更好的算法但是现在我只想用这个可视化，一旦我理解了可视化，我会寻求更好的算法。

Answer 1

你可以用jmol做到这一点。 Jmol允许你使用java将任意键/原子添加到坐标空间，或者我相信它的javascript api也是如此。

通常，PDB文件格式当然会用于此类数据。

Answer 2

RNAviz已陈旧但仍常使用。 JalView显然应该通过去年的GSoC项目获得RNA二级结构，但我不确定该项目的状态是什么。

Answer 3

在算法上可视化RNA（或任何图形）的二级结构是一个难题。您需要注意尽可能少的重叠，同时保持一致的链路长度。正如其他答案所指出的那样，您已经可以使用许多现有的实现。我会抛出另一个非常容易使用而且不需要下载的产品：

forna - nibiru.tbi.univie.ac.at/forna

在这里你只需要输入一个dotbracket字符串：

>molecule_name
CGCUUCAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUGAAGUG
((((((((((..((((((.........))))))......).((((((.......))))))..)))))))))

这将为您提供如下所示的可视化：

这是使用ViennaRNA RNAplot程序和d3的力导向图算法的组合计算的。