Question

使用以下AWK命令作为独立命令我没有问题，没有任何错误：

$ awk '$9 != "NTM" && $9 != ""' myfile.txt  | less -Sn

但是当我在Perl的脚本中为qsub（即在linux集群中运行作业）命令中应用它们时，就像这样：

use strict;
use Data::Dumper;
use Carp;
use File::Basename;

my $path = "/mypath/"; 
my @files = glob($path."*.txt");

foreach my $file ( @files ) {
print "$file\n";
    wy $base = basename($file,".fc-gn_".$type);
    my $nn = $path.$base.".out";

print "$file $nn\n";

    open PIPE, "| qsub" or die $!; 
    print PIPE <<EOF;
#!/bin/sh 
#PBS -N CLEAN
#PBS -l nodes=1:ppn=2 
#PBS -r n 

awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn


EOF

}

它出现以下错误

awk: cmd. line:1:  != "NTM" &&  !=""
awk: cmd. line:1:  ^ syntax error

这样做的正确方法是什么？

Answer 1

在所有"\"变量之前添加"$9"字符将解决此问题。他们正在被Perl解析。

以下脚本：

print <<EOF;
awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn
EOF

输出：

awk ' != "NTM" &&  !=""'  >

但：

print <<EOF;
awk '\$9 != "NTM" && \$9 !=""' \$file > \$nn
EOF

输出：

awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn

但是，由于您希望Perl解释$file和$nn，因此实际行应为：

awk '\$9 != "NTM" && \$9 !=""' $file > $nn

Answer 2

您可以使用反斜杠解决方案，或使用以下方法使其更具视觉吸引力：

print <<'EOF'

（并且没有反斜杠），如果你喜欢Perl，你可能想要点gearman，这真的很酷。

当我从Perl调用它时，为什么我的awk单线程工作不起作用？

2 个答案: