使用GNU Parallel时从bash脚本调用python脚本

时间:2011-08-11 22:09:54

标签: python bash parallel-processing

我试图并行运行python脚本(使用GNU parallel 20110722)。如下所示,我无法以我试过的任何方式运行。 (^C标记我用ctrl + C中断作业的点,因为系统没有响应。)

me@kubuntu:~/Programs/LeitMotifsParallel$ parallel python {1} :::: <(echo MainMult.18136.py)
^C
me@kubuntu:~/Programs/LeitMotifsParallel$ parallel python {1} ::: <(echo MainMult.18136.py)
File "/dev/fd/63", line 1
MainMult.18136.py
             ^
SyntaxError: invalid syntax
me@kubuntu:~/Programs/LeitMotifsParallel$ parallel MainMult.18136.py
parallel: Input is tty. Press CTRL-D to exit.
^C
me@kubuntu:~/Programs/LeitMotifsParallel$

但是,当直接从控制台运行时,python脚本会按预期运行。

me@kubuntu:~/Programs/LeitMotifsParallel$ MainMult.18136.py 
/home/me/Programs/LeitMotifsParallel/StAlg.py:6: DeprecationWarning: the sets module is deprecated
import sets #@UnusedImport
Start : 18:59:34 11Aug2011
['M']
['M']
(...)

我没有成功找到这种情况的答案,所以如果你能帮我解决这个问题我真的很感激。

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

如果http://www.biostars.org/p/11132/#11139没有回答您的问题,请详细说明遗漏的内容。