Question

我一直在玩system()和system2()以获得乐趣，让我感到震惊的是我可以在对象中保存输出或退出状态。玩具示例：

X <- system("ping google.com",intern=TRUE)

给我输出，而

X <- system2("ping", "google.com")

给我退出状态（在这种情况下为1，谷歌不接受ping）。如果我想要输出和退出状态，我必须进行2次系统调用，这看起来有点矫枉过正。如何才能同时使用一个系统调用？

编辑：我希望在控制台中同时使用这两者，如果可能的话，在stdout="somefile.ext"调用中使用system2并在随后读取它时不会覆盖临时文件。

Answer 1

我对你对system2的描述感到有点困惑，因为它有stdout和stderr参数。因此它能够返回退出状态，stdout和stderr。

> out <- tryCatch(ex <- system2("ls","xx", stdout=TRUE, stderr=TRUE), warning=function(w){w})
> out
<simpleWarning: running command ''ls' xx 2>&1' had status 2>
> ex
[1] "ls: cannot access xx: No such file or directory"
> out <- tryCatch(ex <- system2("ls","-l", stdout=TRUE, stderr=TRUE), warning=function(w){w})
> out
 [listing snipped]                  
> ex
 [listing snipped]

Answer 2

从R 2.15起，当system2和/或stdout为TRUE时，stderr会将返回值作为属性。这样可以轻松获取文本输出和返回值。

在此示例中，ret最终成为具有属性"status"的字符串：

> ret <- system2("ls","xx", stdout=TRUE, stderr=TRUE)
Warning message:
running command ''ls' xx 2>&1' had status 1 
> ret
[1] "ls: xx: No such file or directory"
attr(,"status")
[1] 1
> attr(ret, "status")
[1] 1

Answer 3

我建议在这里使用此功能：

robust.system <- function (cmd) {
  stderrFile = tempfile(pattern="R_robust.system_stderr", fileext=as.character(Sys.getpid()))
  stdoutFile = tempfile(pattern="R_robust.system_stdout", fileext=as.character(Sys.getpid()))

  retval = list()
  retval$exitStatus = system(paste0(cmd, " 2> ", shQuote(stderrFile), " > ", shQuote(stdoutFile)))
  retval$stdout = readLines(stdoutFile)
  retval$stderr = readLines(stderrFile)

  unlink(c(stdoutFile, stderrFile))
  return(retval)
}

这只适用于接受＆gt;的类似Unix的shell。和2>符号，cmd参数不应重定向输出本身。但它确实可以解决问题：

> robust.system("ls -la")
$exitStatus
[1] 0

$stdout
 [1] "total 160"                                                      
 [2] "drwxr-xr-x  14 asieira  staff    476 10 Jun 18:18 ."            
 [3] "drwxr-xr-x  12 asieira  staff    408  9 Jun 20:13 .."           
 [4] "-rw-r--r--   1 asieira  staff   6736  5 Jun 19:32 .Rapp.history"
 [5] "-rw-r--r--   1 asieira  staff  19109 11 Jun 20:44 .Rhistory"    

$stderr
character(0)

捕获R中系统调用的退出状态和输出

3 个答案: