列出在R中设置调试标志的函数

时间:2011-08-05 01:54:01

标签: debugging function r

我正在尝试在R中找到isdebugged()的全局副本。我的​​场景是我有调用其他函数的函数,所有这些都是我编写的,我正在转向{{1}在我的调试过程中打开和关闭不同的功能。但是,我可能会忘记将哪些功能设置为要调试。当我忘记并开始循环时,我可能会得到更多的输出(令人讨厌,但并不可怕),或者当某些需要时(不好)我可能没有输出。

我目前的方法是使用类似于下面的函数,我可以用debug()调用它或列出已加载库中的项目(下面的示例)。这可能就足够了,但它要求我用工作区中的每个函数列表或加载的包中调用它。我可以包装另一个获取这些功能的函数。似乎应该有一种更简单的方法来直接“询问”调试函数或查询环境的一些模糊部分,它隐藏了设置了调试标志的函数列表。

所以,这是一个两部分的问题:

  1. 是否存在更简单的调用以查询设置了调试标志的函数?
  2. 如果没有,那么有什么诡计我忽略了吗?例如,如果一个包中的函数掩盖了另一个包,我怀疑我可能会返回一个误导性的结果。
  3. 我意识到我可以尝试另一种方法,即将listDebugged(ls())debug包含在也维护隐藏的调试函数名列表的函数中。我还不相信这是安全的事情。

    更新(2011年8月5日):我搜索了SO,但没有找到早先的问题。然而,SO的“相关问题”列表显示an earlier question that is similar,尽管该问题的答案中的函数比@cbeleites提供的函数更冗长,更慢。较旧的问题也没有提供任何代码,而我做了。 :)

    代码:

    undebug

5 个答案:

答案 0 :(得分:6)

这是我对listDebugged函数的抛出:

ls.deb  <- function(items = search ()){
  .ls.deb <-  function (i){
    f <- ls (i)
    f <- mget (f, as.environment (i), mode = "function",

               ## return a function that is not debugged
               ifnotfound = list (function (x) function () NULL)
               )

    if (length (f) == 0)
      return (NULL)

    f <- f [sapply (f, isdebugged)]
    f <- names (f)

    ## now check whether the debugged function is masked by a not debugged one
    masked <- !sapply (f, function (f) isdebugged (get (f)))

    ## generate pretty output format:
    ## "package::function"  and "(package::function)" for masked debugged functions
    if (length (f) > 0) {
      if (grepl ('^package:', i)) {
        i <- gsub ('^package:', '', i)
        f <- paste (i, f, sep = "::")
      }

      f [masked] <- paste ("(", f [masked], ")", sep = "")

      f
    } else {
      NULL
    }
  }


  functions <- lapply (items, .ls.deb)
  unlist (functions)
}
  • 我选择了一个不同的名称,因为输出格式只是调试功能(否则我很容易获得数千个功能)
  • 输出的格式为package::function(或者更确切地说是namespace::function,但无论如何包都会很快拥有名称空间)。
  • 如果屏蔽了调试功能,则输出为"(package::function)"
  • 默认是查看整个搜索路径

答案 1 :(得分:3)

这是一个简单的单行使用lsf.str

which(sapply(lsf.str(), isdebugged))

您可以更改函数中的环境,有关更多参数,请参阅?lsf.str

答案 2 :(得分:2)

自从最初的问题以来,我一直在寻找越来越多的Mark Bravington's debug package。如果使用该包,则check.for.traces()是列出通过mtrace调试的那些函数的适当命令。

如果花了很多时间使用R调试器和各种trace选项,那么调试包值得一看。

答案 3 :(得分:1)

@cbeleites我喜欢你的答案,但它对我没用。我得到了它的工作,但它没有你的功能(没有递归检查,没有漂亮的打印)

require(plyr)
debug.ls <- function(items = search()){
  .debug.ls <- function(package){
    f <- ls(package)
    active <- f[which(aaply(f, 1, function(x){
        tryCatch(isdebugged(x), error = function(e){FALSE}, finally=FALSE)
      }))]
    if(length(active)==0){
      return(NULL)
    }
    active
  }

  functions <- lapply (items, .debug.ls)
  unlist (functions)
}

答案 4 :(得分:0)

由于未能 undebug 功能,我不断陷入browser窗口框架。所以我创建了两个函数并将它们添加到我的.Rprofile。辅助函数非常简单。

require(logging)

# Returns a vector of functions on which the debug flag is set
debuggedFuns <- function() {
  envs <- search()
  debug_vars <- sapply(envs, function(each_env) {
    funs <- names(Filter(is.function, sapply(ls(each_env), get, each_env)))
    debug_funs <- Filter(isdebugged, funs)
    debug_funs
  })
  return(as.vector(unlist(debug_vars)))
}

# Removes the debug flag from all the functions returned by `debuggedFuns`
unDebugAll <- function(verbose = TRUE) {
  toUnDebug <- debuggedFuns()
  if (length(toUnDebug) == 0) {
    if (verbose) loginfo('no Functions to `undebug`')
    return(invisible())
  } else {
    if (verbose) loginfo('undebugging [%s]', paste0(toUnDebug, collapse = ', '))
    for (each_fn in toUnDebug) {
      undebug(each_fn)
    }
    return(invisible())
  }
}

我已经测试了它们,它运行得很好。希望这有帮助!