具有可变增量的滑动窗口 - Python

时间:2011-08-03 09:52:57

标签: python bioinformatics itertools sliding-window

我试图在Python中使用滑动窗口函数来比较很长的值列表。我在滑动窗口函数中找到的代码如下:

from itertools import islice

idlist = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]
list = []

def window(seq, n=2):
    "Returns a sliding window (of width n) over data from the iterable"
    "   s -> (s0,s1,...s[n-1]), (s1,s2,...,sn), ...                   "
    it = iter(seq)
    result = tuple(islice(it, n))
    if len(result) == n:
        yield result    
    for elem in it:
        result = result[1:] + (elem,)
        yield result

for i in window(idlist, n=2):
    list.append(i)

print list

我的问题是,如何修改此代码以便我可以将窗口的增量(生成每个元组后它移动的数量)从1更改为更大的整数,比如5或50?我知道如何改变窗口的大小,但不知道增量。 谢谢!

3 个答案:

答案 0 :(得分:1)

您不必更改增量,您可以采用每个第n个元素:

# taking every 3rd element moves the start by 3
print list(islice(window(idlist, n=2),None,None,3))

未完全优化,但很简单。

答案 1 :(得分:0)

提示:next函数可用于从迭代器获取下一个元素。你需要在每次迭代中获得并附加多个元素(我认为这是困难;当然你看到如何将窗口的其他结束向前移动不同的数量:))。

答案 2 :(得分:0)

也许这可以解决问题

L=[1,2,3,4,5]

def window(L, n=2, jump=1):
    lenght = len(L)
    assert n <= lenght
    for i in range(0,lenght-n+1,jump):
        yield tuple(L[i:i+n])

A=[]
for i in window(L, n=3, jump=1):
    A.append(i)

print A