Question

我正在开发我的第一个R包（使用R 2.13，Ubuntu 10.10）。我们称之为 foo ，让我们说R /目录中的代码以行库（bar）开头，其中 bar 是现有的在CRAN中的包， foo 所依赖的包。我的DESCRIPTION文件包含以下行：

Depends: bar

当包 foo 准备好进行测试时，我会使用以下方式在本地安装

R CMD INSTALL foo_1.0.tar.gz

但是，如果未安装 bar ，我会看到：

ERROR: dependency ‘bar’ is not available for package ‘foo’

显然，如果我的 foo 是使用install.packages（）从CRAN安装的，那么 bar 将同时安装。所以我的问题是：当我使用R CMD INSTALL安装我的软件包 foo 时，如果需要，如何确保安装CRAN软件包 bar ？这是配置脚本的工作吗？

Answer 1

实际上，重新阅读R扩展指南，并不是说R CMD INSTALL会从CRAN获得依赖关系。 R中的install.packages（）方法会这样做，但乍一看我不认为R CMD INSTALL会这样做。

你可以使用install.packages从.tar.gz安装，但你必须设置repos = NULL，然后这适用：

 dependencies: logical indicating to also install uninstalled packages
          on which these packages depend/suggest/import (and so on
          recursively).  Not used if repos = NULL.

我怀疑要做的是从DESCRIPTION文件中获取依赖项，然后运行R并在那些在干净环境中测试构建时执行install.packages（）。

Answer 2

幸运的是Devtools提供了一个简单的解决方案：install_deps()

install_deps（pkg =“。”，dependencies = logical，threads = getOption（“Ncpus”，1））

参数：
  pkg：包描述，可以是路径或包名。看到             'as.package'了解更多信息

依赖项：'logical'表示同时安装已卸载的软件包             这个'pkg'取决于/链接到/建议。见参数             'install.packages'的'依赖关系'。

threads：用于安装的并发线程数             依赖。如果是，则默认为选项'“Ncpus”'或'1'             未设置。

示例：

install_deps(".")  
install_deps("/path/to/package",dependencies="logical")

Answer 3

我最后只使用bash here-document并指定了云镜像来查找依赖项：

sudo R --vanilla <<EOF
install.packages('forecast', repos='http://cran.us.r-project.org')
q()
EOF

R包是“预测”，我使用的云镜是http://cran.us.r-project.org。如果你想使用另一面镜子，这里都是：https://cran.r-project.org/mirrors.html

上面的内容对我来说是将R包装入AWS EMR bootstrap shell脚本。

Answer 4

更新；到 2021 年 2 月，remotes 包可以解决问题，并且比 devtools 的占用空间小得多：

R -e "install.packages('remotes')"
R -e "remotes::install_local('/path/to/mypackage.tar.gz', dependencies=T)"

Answer 5

与@Jonathan Le类似，但更适合脚本使用：

sudo R --vanilla -e 'install.packages("forecast", repos="http://cran.us.r-project.org")'

Answer 6

执行此操作的机制是在depends文件的DESCRIPTION字段中添加条目。

Depends: bar

这将加载bar库（如果已安装），否则将从CRAN安装。

Writing R extensions手册的第1.1.1节中描述了这一点：http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html#The-DESCRIPTION-file

Answer 7

遵循Romain Rossi的想法，这是一个简单的shell脚本，它以您发送的方式安装每个参数（假设它是一个包）：

#!/bin/sh 
for f in $* 
    do 
    sudo R --vanilla -e "install.packages('"$f"', repos='http://cran.us.r-project.org')" 
done

使用“R CMD INSTALL”安装R软件包时如何安装依赖项？

7 个答案: