将NumPy数组映射到位

时间:2011-07-26 00:52:35

标签: python arrays multidimensional-array mapping numpy

是否可以将NumPy数组映射到位?如果是,怎么做?

给定a_values - 二维数组 - 这是我现在可以解决的一些代码:

for row in range(len(a_values)):
    for col in range(len(a_values[0])):
        a_values[row][col] = dim(a_values[row][col])

但它太难看了,我怀疑在NumPy中的某个地方必须有一个功能可以做同样的事情:

a_values.map_in_place(dim)

但如果存在上述情况,我一直无法找到它。

5 个答案:

答案 0 :(得分:51)

如果你受到很大的空间限制,那么在这里进行这项工作是值得的。如果是这种情况,可以通过迭代数组的展平视图来加速代码。由于reshape返回新视图when possible,因此不会复制数据本身(除非原始视图具有异常结构)。

我不知道有更好的方法来实现任意Python函数的真正就地应用。

>>> def flat_for(a, f):
...     a = a.reshape(-1)
...     for i, v in enumerate(a):
...         a[i] = f(v)
... 
>>> a = numpy.arange(25).reshape(5, 5)
>>> flat_for(a, lambda x: x + 5)
>>> a

array([[ 5,  6,  7,  8,  9],
       [10, 11, 12, 13, 14],
       [15, 16, 17, 18, 19],
       [20, 21, 22, 23, 24],
       [25, 26, 27, 28, 29]])

一些时间:

>>> a = numpy.arange(2500).reshape(50, 50)
>>> f = lambda x: x + 5
>>> %timeit flat_for(a, f)
1000 loops, best of 3: 1.86 ms per loop

它的速度是嵌套循环版本的两倍:

>>> a = numpy.arange(2500).reshape(50, 50)
>>> def nested_for(a, f):
...     for i in range(len(a)):
...         for j in range(len(a[0])):
...             a[i][j] = f(a[i][j])
... 
>>> %timeit nested_for(a, f)
100 loops, best of 3: 3.79 ms per loop

当然,矢量化仍然更快,所以如果你可以制作副本,请使用:

>>> a = numpy.arange(2500).reshape(50, 50)
>>> g = numpy.vectorize(lambda x: x + 5)
>>> %timeit g(a)
1000 loops, best of 3: 584 us per loop

如果您可以使用内置的ufunc重写dim,那么请,请不要vectorize

>>> a = numpy.arange(2500).reshape(50, 50)
>>> %timeit a + 5
100000 loops, best of 3: 4.66 us per loop

numpy执行+=之类的操作,正如您所期望的那样 - 因此您可以免费获得具有就地应用程序的ufunc的速度。有时甚至更快!有关示例,请参阅here


顺便说一下,我对这个问题的原始答案,可以在其编辑历史中查看,是荒谬的,并涉及将索引矢量化为a。它不仅需要做一些时髦的东西来绕过vectorize的{​​{3}},它结果与嵌套循环版本一样慢。非常聪明!

答案 1 :(得分:44)

  

这是散布在答案中的贡献的记录   我在接受问题答案后写的评论。   欢迎誓言,但如果你赞成这个答案,请   不要错过upvote那些 senderle 和(如果他写的   一个) eryksun ,他建议采用以下方法。

问:是否可以将numpy数组映射到位? 答:是,但没有使用单一数组方法。你必须编写自己的代码。

下面的脚本比较了线程中讨论的各种实现:

import timeit
from numpy import array, arange, vectorize, rint

# SETUP
get_array = lambda side : arange(side**2).reshape(side, side) * 30
dim = lambda x : int(round(x * 0.67328))

# TIMER
def best(fname, reps, side):
    global a
    a = get_array(side)
        t = timeit.Timer('%s(a)' % fname,
                     setup='from __main__ import %s, a' % fname)
    return min(t.repeat(reps, 3))  #low num as in place --> converge to 1

# FUNCTIONS
def mac(array_):
    for row in range(len(array_)):
        for col in range(len(array_[0])):
            array_[row][col] = dim(array_[row][col])

def mac_two(array_):
    li = range(len(array_[0]))
    for row in range(len(array_)):
        for col in li:
            array_[row][col] = int(round(array_[row][col] * 0.67328))

def mac_three(array_):
    for i, row in enumerate(array_):
        array_[i][:] = [int(round(v * 0.67328)) for v in row]


def senderle(array_):
    array_ = array_.reshape(-1)
    for i, v in enumerate(array_):
        array_[i] = dim(v)

def eryksun(array_):
    array_[:] = vectorize(dim)(array_)

def ufunc_ed(array_):
    multiplied = array_ * 0.67328
    array_[:] = rint(multiplied)

# MAIN
r = []
for fname in ('mac', 'mac_two', 'mac_three', 'senderle', 'eryksun', 'ufunc_ed'):
    print('\nTesting `%s`...' % fname)
    r.append(best(fname, reps=50, side=50))
    # The following is for visually checking the functions returns same results
    tmp = get_array(3)
    eval('%s(tmp)' % fname)
    print tmp
tmp = min(r)/100
print('\n===== ...AND THE WINNER IS... =========================')
print('  mac (as in question)       :  %.4fms [%.0f%%]') % (r[0]*1000,r[0]/tmp)
print('  mac (optimised)            :  %.4fms [%.0f%%]') % (r[1]*1000,r[1]/tmp)
print('  mac (slice-assignment)     :  %.4fms [%.0f%%]') % (r[2]*1000,r[2]/tmp)
print('  senderle                   :  %.4fms [%.0f%%]') % (r[3]*1000,r[3]/tmp)
print('  eryksun                    :  %.4fms [%.0f%%]') % (r[4]*1000,r[4]/tmp)
print('  slice-assignment w/ ufunc  :  %.4fms [%.0f%%]') % (r[5]*1000,r[5]/tmp)
print('=======================================================\n')

上述脚本的输出 - 至少在我的系统中 - 是:

  mac (as in question)       :  88.7411ms [74591%]
  mac (optimised)            :  86.4639ms [72677%]
  mac (slice-assignment)     :  79.8671ms [67132%]
  senderle                   :  85.4590ms [71832%]
  eryksun                    :  13.8662ms [11655%]
  slice-assignment w/ ufunc  :  0.1190ms [100%]

正如您所观察到的,使用numpy的ufunc分别比第二个最佳和最差的替代品提高了2个以上和近3个数量级的速度。

如果使用ufunc不是一个选项,这里只是对其他选择的比较:

  mac (as in question)       :  91.5761ms [672%]
  mac (optimised)            :  88.9449ms [653%]
  mac (slice-assignment)     :  80.1032ms [588%]
  senderle                   :  86.3919ms [634%]
  eryksun                    :  13.6259ms [100%]

HTH!

答案 2 :(得分:3)

为什么不使用numpy实现和out_技巧?

from numpy import array, arange, vectorize, rint, multiply, round as np_round 

def fmilo(array_):
    np_round(multiply(array_ ,0.67328, array_), out=array_)

得到:

===== ...AND THE WINNER IS... =========================
  mac (as in question)       :  80.8470ms [130422%]
  mac (optimised)            :  80.2400ms [129443%]
  mac (slice-assignment)     :  75.5181ms [121825%]
  senderle                   :  78.9380ms [127342%]
  eryksun                    :  11.0800ms [17874%]
  slice-assignment w/ ufunc  :  0.0899ms [145%]
  fmilo                      :  0.0620ms [100%]
=======================================================

答案 3 :(得分:2)

如果ufuncs不可用,你应该考虑使用cython。 它很容易集成,并且可以在numpy数组的特定使用上加快速度。

答案 4 :(得分:1)

这只是mac写入的更新版本,已针对Python 3.x实现,并添加了numbanumpy.frompyfunc

numpy.frompyfunc接受一个abitrary python函数并返回一个函数,当在numpy.array上强制转换时,它会应用元素元素。
 但是,它将数组的数据类型更改为object,因此它不到位,并且此数组的未来计算将更慢。
为了避免这个缺点,将在调用numpy.ndarray.astype中调用,将数据类型返回到int。

作为旁注:
Numba不包含在Python的基本库中,如果你想测试它,必须从外部下载。在这个测试中,它实际上什么都不做,如果它已经用 @jit(nopython = True)调用,它会给出一条错误消息,说它不能优化那里的任何东西。但是,由于numba通常可以加速以函数式编写的代码,因此它包含在内以保证完整性。

import timeit
from numpy import array, arange, vectorize, rint, frompyfunc
from numba import autojit

# SETUP
get_array = lambda side : arange(side**2).reshape(side, side) * 30
dim = lambda x : int(round(x * 0.67328))

# TIMER
def best(fname, reps, side):
    global a
    a = get_array(side)
    t = timeit.Timer('%s(a)' % fname,
                     setup='from __main__ import %s, a' % fname)
    return min(t.repeat(reps, 3))  #low num as in place --> converge to 1

# FUNCTIONS
def mac(array_):
    for row in range(len(array_)):
        for col in range(len(array_[0])):
            array_[row][col] = dim(array_[row][col])

def mac_two(array_):
    li = range(len(array_[0]))
    for row in range(len(array_)):
        for col in li:
            array_[row][col] = int(round(array_[row][col] * 0.67328))

def mac_three(array_):
    for i, row in enumerate(array_):
        array_[i][:] = [int(round(v * 0.67328)) for v in row]


def senderle(array_):
    array_ = array_.reshape(-1)
    for i, v in enumerate(array_):
        array_[i] = dim(v)

def eryksun(array_):
    array_[:] = vectorize(dim)(array_)

@autojit
def numba(array_):
    for row in range(len(array_)):
        for col in range(len(array_[0])):
            array_[row][col] = dim(array_[row][col])


def ufunc_ed(array_):
    multiplied = array_ * 0.67328
    array_[:] = rint(multiplied)

def ufunc_frompyfunc(array_):
    udim = frompyfunc(dim,1,1)
    array_ = udim(array_)
    array_.astype("int")

# MAIN
r = []
totest = ('mac', 'mac_two', 'mac_three', 'senderle', 'eryksun', 'numba','ufunc_ed','ufunc_frompyfunc')
for fname in totest:
    print('\nTesting `%s`...' % fname)
    r.append(best(fname, reps=50, side=50))
    # The following is for visually checking the functions returns same results
    tmp = get_array(3)
    eval('%s(tmp)' % fname)
    print (tmp)
tmp = min(r)/100
results = list(zip(totest,r))
results.sort(key=lambda x: x[1])

print('\n===== ...AND THE WINNER IS... =========================')
for name,time in results:
    Out = '{:<34}: {:8.4f}ms [{:5.0f}%]'.format(name,time*1000,time/tmp)
    print(Out)
print('=======================================================\n')



最后,结果:

===== ...AND THE WINNER IS... =========================
ufunc_ed                          :   0.3205ms [  100%]
ufunc_frompyfunc                  :   3.8280ms [ 1194%]
eryksun                           :   3.8989ms [ 1217%]
mac_three                         :  21.4538ms [ 6694%]
senderle                          :  22.6421ms [ 7065%]
mac_two                           :  24.6230ms [ 7683%]
mac                               :  26.1463ms [ 8158%]
numba                             :  27.5041ms [ 8582%]
=======================================================