在SciPy中,csr_matrices的花式索引

时间:2011-07-21 20:46:42

标签: python numpy scipy

我是Python的新手,如果这是一个基本问题,请提前原谅我,但我已经四处寻找并且没有找到令人满意的答案。

我正在尝试使用NumPy和SciPy执行以下操作:

I,J = x[:,0], x[:1]               # x is a two column array of (r,c) pairs
V = ones(len(I))
G = sparse.coo_matrix((V,(I,J)))  # G's dimensions are 1032570x1032570
G = G + transpose(G)
r,c = G.nonzero()
G[r,c] = 1
...
NotImplementedError: Fancy indexing in assignment not supported for csr matrices

差不多,我希望在添加转置后所有非零值都等于1,但我得到了花哨的索引错误消息。

或者,如果我可以证明矩阵G是对称的,则不需要添加转置。

非常感谢对这两种方法的任何见解。

1 个答案:

答案 0 :(得分:6)

除了执行G = G / G之类的操作外,您还可以对G.data进行操作。

所以,在你的情况下,做任何一个:

G.data  = np.ones(G.nnz)

G.data[G.data != 0] = 1

会做你想做的事。这更灵活,因为它允许您预先形成其他类型的过滤器(例如G.data[G.data > 0.9] = 1G.data = np.random.random(G.nnz)

如果第二个选项的值非零,则第二个选项仅将值设置为1。在某些计算过程中,您将得到“密集”的零值(即它们实际上存储为稀疏数组中的值)。 (您可以使用G.eliminate_zeros()

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