Question

以下是名为AT5G60410.gff的大型文件示例：

Chr5    TAIR10  gene    24294890    24301147    .   +   .   ID=AT5G60410;Note=protein_coding_gene;Name=AT5G60410
Chr5    TAIR10  mRNA    24294890    24301147    .   +   .   ID=AT5G60410.1;Parent=AT5G60410;Name=AT5G60410.1;Index=1
Chr5    TAIR10  protein 24295226    24300671    .   +   .   ID=AT5G60410.1-Protein;Name=AT5G60410.1;Derives_from=AT5G60410.1
Chr5    TAIR10  exon    24294890    24295035    .   +   .   Parent=AT5G60410.1
Chr5    TAIR10  five_prime_UTR  24294890    24295035    .   +   .   Parent=AT5G60410.1
Chr5    TAIR10  exon    24295134    24295249    .   +   .   Parent=AT5G60410.1
Chr5    TAIR10  five_prime_UTR  24295134    24295225    .   +   .   Parent=AT5G60410.1
Chr5    TAIR10  CDS 24295226    24295249    .   +   0   Parent=AT5G60410.1,AT5G60410.1-Protein;
Chr5    TAIR10  exon    24295518    24295598    .   +   .   Parent=AT5G60410.1

我在使用grep从中提取特定行时遇到一些麻烦。我想提取所有类型为“gene”或类型为“exon”的行，在第三列中指定。当这不起作用时，我感到很惊讶：

grep 'gene|exon' AT5G60410.gff

未返回任何结果。我哪里出错？

Answer 1

你需要逃避|。以下应该做的工作。

grep "gene\|exon" AT5G60410.gff

Answer 2

默认情况下，grep会将典型的特殊字符视为普通字符，除非它们被转义。所以你可以使用以下内容：

grep 'gene\|exon' AT5G60410.gff

但是，您可以使用以下表单更改其模式以执行您期望的操作：

egrep 'gene|exon' AT5G60410.gff
grep -E 'gene|exon' AT5G60410.gff

Answer 3

这是一种不同的选择方式：

grep -e gene -e exon AT5G60410.gff

-e开关指定要匹配的不同模式。

Answer 4

这将有效：

grep "gene\|exon" AT5G60410.gff

Answer 5

我在搜索特定问题时发现了这个问题我涉及piped command Key-Value命令在正则表达式中使用了交替运算符，所以我认为我会贡献更专业的答案。

我遇到的错误原来是前一个管道运算符（即grep），而不是grep正则表达式中的交替运算符（即|与管道运算符相同）。对我来说，答案就是在假设问题出现在我的grep正则表达式中并且涉及交替运算符时，正确地逃避并引用必要special shell characters such as &。

例如，我在本地计算机上执行的命令是：

此命令导致以下错误：

get http://localhost/foobar-& | grep "fizz\|buzz"

将我的命令更改为：

，更正了此错误

-bash: syntax error near unexpected token `|'

通过双引号转义get "http://localhost/foobar-&" | grep "fizz\|buzz"字符，我能够解决我的问题。答案完全与交替操作无关。

使用“|”进行grepping替代运营商

5 个答案: