我有一个字符向量列表如下：
>seq
[[1]]
[1] "**GTCAGCCGATCGGGCGTCAG**TCGAACGGGGGGGGTAACTTGTCCGGGATCATGCGTCCGGCAAACCAAAGAGCCAACTGGGTTAAGAACGTGAGCCGGAGCCCACCCCACCTTTGCACTGCTGGGATTTGGAGGTTTCCT"
[[2]]
[1] "**GTCAGCCGATCGGGCGTCAG**TGGACAACAATCGTTTGACTGGCGCAGTCGTATCCGTGTACCGGCATCGGTCATAGGACTGAGCGACAAAATACATTTAAGGCGTTTAAAACCGGTCCAACTGGGATTTGGAGGTTTCCT"
我的原始列表将包含更多元素，但为了保持精确，我只突出显示了 2 个元素。
我想在列表中找到所有这些字符串的位置，它们完全或部分匹配粗体字符。当我使用 grep 进行搜索时，它会查找完全匹配的内容。例如，
grep("GTCAGCCGATCGGGCGTCAG",seq)
将它们的位置返回为 1,2，但我想以这样一种方式进行搜索，即使字符串包含略有不同的字符，它们仍然会返回它们各自的位置。
例如，如果我按照以下顺序进行搜索，其中第 7 位的 C 已更改为 T，第 17 位的 T 已更改为 A，我仍然应该能够恢复列表中的字符串位置为1,2
"GTCAGCTGATCGGGCGACAG"
ClustalW 是 R 中众所周知的对齐工具。有没有办法使用 clustalW 或任何其他方式来实现这一点？