Question

我正在尝试使用 snakemake 自动化集成测试（我需要一些文件的输出，所以这似乎是一个很好的工具）。但是，当我需要在 pytest 中运行两个测试套件时，如果任一套件中的单个测试失败，工作流就会停止。例如，我有：

rule run_tests:
    run:
        commands = [
            "pytest test_that_should_fail",
            "pytest test_that_should_succeed"
        ]
        for c in commands:
            shell(c)

而且我需要后一个测试应该失败的测试输出。有没有办法防止snakemake在运行“pytest test_that_should_fail”后停止？此外，snakemake 停止而没有任何类型的错误消息只是一个通用的：“规则 run_tests 中的错误：jobid：0”

Answer 1

你可以这样写：

commands = [
   "pytest test_that_should_fail || true",
   "pytest test_that_should_succeed || true",
]

然后shell命令的退出代码为0，表示成功，从而继续执行其他命令。

编辑：

这是解决问题的一种简单方法，不是@bli 指出的最干净也不是最惯用的方法。

Answer 2

我建议你让 Snakemake 处理不同的测试，每个规则实例只运行一个测试。

这可以按如下方式完成（未测试）：

TESTS = ["test_that_should_fail", "test_that_should_succeed"]

rule all:
    input:
        logs = expand("{test}.log", test=TESTS),
        errs = expand("{test}.err", test=TESTS),

rule run_test:
    output:
        log = "{test}.log",
        err = "{test}.err",
    shell:
        """
        pytest {wildcards.test} 1> {output.log} 2> {output.err}
        """

然后，您可以使用snakemake 的选项-k 来确保所有测试都将运行。但是，如果预期返回非零代码，则使用 || true（如 another answer 中建议的那样）可能会更清晰。

测试套件失败后如何防止snakemake停止？

2 个答案: