线程“main”中的异常java.lang.OutOfMemoryError：超出了GC开销限制

Question

我无法运行我的流程。它给出了以下异常：“线程中的异常”main“java.lang.OutOfMemoryError：Java堆空间”

  

java -Xms32m -Xmx516m FilteringSNP_genus   线程“main”中的异常java.lang.OutOfMemoryError：Java堆空间           at java.util.Arrays.copyOf（Arrays.java:2882）           at java.lang.AbstractStringBuilder.expandCapacity（AbstractStringBuilder.java:100）           在java.lang.AbstractStringBuilder.append（AbstractStringBuilder.java:515）           在java.lang.StringBuffer.append（StringBuffer.java:306）           在java.io.BufferedReader.readLine（BufferedReader.java:345）           在java.io.BufferedReader.readLine（BufferedReader.java:362）           在FilteringSNP_genus.main（FilteringSNP_genus.java:65）

我尝试了不同的内存使用配置，如：

  

java -Xms32m -Xmx1024m FilteringSNP_genus

但它没有用，并且增加-XmxVALUE已经超出了GC开销限制：

  

线程“main”中的异常java.lang.OutOfMemoryError：超出了GC开销限制           at java.lang.String.substring（String.java:1940）           at java.util.StringTokenizer.nextToken（StringTokenizer.java:335）           在FilteringSNP_genus.main（FilteringSNP_genus.java:77）

有人能提供一些线索来解决这个问题吗？

由于

Answer 1

我猜测你正在从文件或套接字中读取并使用readLine()以方便使用而不考虑其含义。请改为reading into a char[] buffer。

或者，你正在读取内存中的行并在内存中存储硬引用，所以一旦你阅读完了，你显然会用完房间。

对于GC开销错误，根据Oracle JVM article： “如果在垃圾收集中花费了太多时间，则并行收集器将抛出OutOfMemoryError：如果在垃圾收集中花费了超过98％的总时间并且恢复了不到2％的堆，则将抛出OutOfMemoryError。 “

Answer 2

我发现GC会放弃，如果找到内存需要太长时间，即使内存确实存在。最简单的问题是当内存主要是虚拟内存时，它比实际内存慢得多。此外，如果内存过于分散，GC可能需要一些时间来找到所需的空间。如果你要分配大块内存，那可能会使情况更糟。像这样的问题可能是间歇性的，当GC有时间清理房屋并保持一切有条理并且在超载时失败时工作正常。我的猜测是，在你的情况下你要么有一个分页问题，​​要么你在太大的块中使用了太多的可用内存。

解决方案：获得更多真实内存（如果分页是问题）。使用更少的内存。使用较小的内存。数组是压缩数字的最快方法，但带有指针的数据结构使GC的生活更轻松。如果您可以想办法使用较小的数组（或没有数组），那就这样做。

应该有可能获得一个具有8GB或更多内存的正确64位系统（计算机和JVM），这样你就可以忽略并忘记这个问题，但我还没有听到有人这样做。 （并且内存使用扩展以填充可用的内存......）