Snakemake 期望至少有一个奇点参数,但提供了一个

时间:2021-03-30 16:05:36

标签: snakemake singularity-container

我正在使用 NVIDIA Tesla GPU 运行以下命令:
snakemake -j all --use-singularity --singularity-args="--nv"

它工作正常,因为我在第一条规则(使用 GPU)上得到以下输出:

Activating singularity image /project/brookings_minion/guppy_container.sif
ONT Guppy basecalling software version 4.2.2+effbaf84
config file:        /opt/ont/guppy/data/dna_r9.4.1_450bps_hac.cfg
model file:         /opt/ont/guppy/data/template_r9.4.1_450bps_hac.jsn
input path:         /project/brookings_minion/examples/fast5
save path:          /project/brookings_minion/examples/results/.temp/basecall
chunk size:         2000
chunks per runner:  512
records per file:   4000
num basecallers:    4
gpu device:         cuda:0,1
kernel path:
runners per device: 4

我从 gpu device: cuda:0,1 得知 GPU 确实可用。但是,在运行结束时,我收到以下错误:__main__.py: error: argument --singularity-args: expected one argument

直到之后上述命令运行后,我才收到此错误。
我也试过:snakemake -j all --use-singularity --singularity-args "--nv",它几​​乎立即失败并出现相同的错误。

如果 Snakemake 似乎能够将 --nv 标志传递给奇点,为什么会这样?
感谢您的帮助!

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