Question

我在安装Cufflinks时遇到问题。在安装Cufflinks之前，我先安装了Boost：

bjam --prefix=/Users/jimmy/Downloads/boost_1_46_1/ toolset=gcc link=static install

似乎没问题。

但是，在安装Cufflinks时，Boost的安装似乎存在问题。请参阅以下错误：

checking for python script directory... ${prefix}/lib/python2.7/site-packages
checking for python extension module directory... ${exec_prefix}/lib/python2.7/site-packages
checking for boostlib >= 1.38.0... configure: error: We could not detect the boost libraries (version 1.38 or higher). If you have a staged boost library (still not installed) please specify $BOOST_ROOT in your environment and do not give a PATH to --with-boost option.  If you are sure you have boost installed, then check your version number looking in <boost/version.hpp>. See http://randspringer.de/boost for more documentation.
dhcp128036164110:cufflinks-1.0.3 jimmy$ ./configure --prefix=/Users/jimmy/Downloads/ --with-boost=/Users/jimmy/Downloads/boost_1_46_1/

如果我错过了什么，你能告诉我现在有什么问题吗？感谢。

PS：我使用的是Mac OS X（不是Windows）

Answer 1

以下是我在没有root权限的Linux Redhat 64位系统上从源代码安装Cufflinks的完整过程。

安装Boost

1.创建要安装的目录
mkdir ~/bin/boost_1_55_0

2.下载Boost
wget http://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.55.0/boost_1_55_0.tar.gz

3.解压缩Boost
tar xzvf boost_1_55_0.tar.gz

4.转到boost目录
cd boost_1_55_0

5.运行bootstrap.sh脚本
./bootstrap.sh

6.运行b2脚本
./b2

7.再次运行b2脚本进行安装
./b2 install –prefix=/lustre/home/jernest1/bin/boost_1_55_0

8.将安装目录添加到〜/ .bashrc中的几个环境变量中

将/ lustr / home / jernest1 / bin / boost_1_55_0 / lib添加到LD_LIBRARY_PATH
将/ lustr / home / jernest1 / boost_1_55_0添加到新变量BOOST_ROOT
将/ lustr / home / jernest1 / boost_1_55_0添加到新变量CPLUS_INCLUDE_PATH

9.源〜/ .bashrc
source .bashrc

安装SAM工具

1.下载sam工具
wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.17/samtools-0.1.17.tar.bz2

2.打开包装
tar jxvf samtools-0.1.17.tar.bz2

3.进入samtools目录
cd samtools-0.1.17

4.运行make
make

5.创建新目录以放置sam库文件（如果它们尚不存在）
mkdir –p ~/bin/lib
mkdir –p ~/bin/include/bam

6.将libbam.a文件复制到〜/ bin / lib /
cp libbam.a ~/bin/lib/

7.将头文件复制到〜/ bin / include / bam /
cp *.h ~/bin/include/bam/

8.将samtools可执行程序复制到PATH中的目录
cp samtools ~/bin/

9.将bam目录添加到〜/ .bashrc中的新变量BAM_ROOT

安装Eigen库

1.下载特征库
wget http://bitbucket.org/eigen/eigen/get/3.2.3.tar.gz

2.打开包装
tar xzvf 3.2.3.tar.gz

3.进入Eigen目录
cd eigen-eigen-36fd1ba04c12

4.将Eigen子目录复制到〜/ bin / include /
cp -r eigen-eigen-36fd1ba04c12/Eigen/ ~/bin/include/

安装袖扣

选项1：安装正式版

1.创建一个目录来保存安装。
mkdir cufflinks_2.2.1

2.进入该目录 cd cufflinks_2.2.1

3.下载袖扣
wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.tar.gz

4.打开包装
tar xzvf cufflinks-2.2.1.tar.gz

cd cufflinks-2.2.1

5.运行configure脚本
./configure --prefix=/lustre/home/jernest1/cufflinks_2.2.1 --with-eigen=/lustre/home/jernest1/eigen-eigen-36fd1ba04c12/Eigen --with-bam=/lustre/home/jernest1/bin --with-boost=/lustre/home/jernest1/bin/boost_1_55_0

6.运行make
make

7.运行make install
make install

（可选）将〜/ cufflinks_2.2.1 / bin / cufflinks复制到〜/ bin /

选项2：从Github项目安装

1.将目录安装到
mkdir cufflinks_2014-12-11

2.进入该目录
cd cufflinks_2014-12-11

2.下载Github项目
单击＆＃34; HTTPS克隆URL＆＃34;按钮将URL位置保存到剪贴板

下载
git clone https://github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks.git

4.运行autogen.sh将configure.ac转换为configure
./autogen.sh

5.运行configure脚本
./configure --prefix=/lustre/home/jernest1/cufflinks_2014-12-11 --with-eigen=/lustre/home/jernest1/eigen-eigen-36fd1ba04c12/Eigen --with-bam=/lustre/home/jernest1/bin --with-boost=/lustre/home/jernest1/bin/boost_1_55_0

6.运行make
make

7.运行make install
make install

（可选）将〜/ cufflinks_2014-12-11 / bin / cufflinks复制到〜/ bin /

如何纠正安装Cufflinks和Boost时出现的问题？

1 个答案: