光栅化错误栏时的丑陋轮廓

时间:2021-03-01 19:46:38

标签: python matplotlib errorbar rasterizing savefig

我正在使用 Matplotlib(2.2.5 版)绘制大量有错误的数据点,并且我正在栅格化数据,因为有几千个数据点。我发现,当我对数据进行光栅化并另存为 PDF 时,误差线会产生一个难看的白色轮廓,这对于发布来说是不可接受的。我已经构建了一个显示问题的 MWE:

import numpy as np
import random as rand
import matplotlib.pyplot as plt

rand.seed(10)
seeds = range(0, 1000)
data = np.empty((len(seeds), 2))
for n in seeds:
    data[n, 0] = rand.gauss(1, 0.01)
    data[n, 1] = rand.gauss(1, 0.01)

fig, ax = plt.subplots(1, 1, figsize=(6, 6))

ax.scatter(data[:, 0], data[:, 1], s=10, facecolors="k", rasterized=True, zorder=1)
ax.errorbar(data[:, 0], data[:, 1], xerr=0.01, yerr=0.01, color="k", fmt="none", rasterized=True, zorder=2)

fig.savefig("Test.pdf", dpi=250)

这在 Jupyter Notebook 输出中看起来不错,也可以作为保存的 PNG 文件。但是,输出 PDF 文件如下所示: PDF output 我如何摆脱由误差线引起的白色绒毛?如果我不光栅化,问题就会消失,但是文件需要很长时间才能加载到我的论文中,而且我最不想做的就是惹恼我的读者。

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

感谢 an older question 我找到了解决方案:我需要在代码中添加 ax.set_rasterization_zorder(0) 并将绘制点的 zorder 更改为低于 0。这产生了一个完美的图形,没有丑陋的轮廓数据并保留矢量化轴,正是我想要的。工作代码是:

import numpy as np
import random as rand
import matplotlib.pyplot as plt

rand.seed(10)
seeds = range(0, 1000)
data = np.empty((len(seeds), 2))
for n in seeds:
    data[n, 0] = rand.gauss(1, 0.01)
    data[n, 1] = rand.gauss(1, 0.01)

fig, ax = plt.subplots(1, 1, figsize=(6, 6))

ax.scatter(data[:, 0], data[:, 1], s=10, facecolors="k", rasterized=True, zorder=-2)
ax.errorbar(data[:, 0], data[:, 1], xerr=0.01, yerr=0.01, color="k", fmt="none", rasterized=True, zorder=-1)

ax.set_rasterization_zorder(0)

fig.savefig("Test.pdf", dpi=250)

输出为:new test output