Question

我正在通过使用 CATALYST 小插图跟踪差异发现来分析 cytof 数据。

我使用示例 PMBC 数据成功完成了整个步骤，在分析我自己的数据时，大部分步骤都运行良好，包括聚类和差异丰度测试。

错误仅发生在使用 diffcyt() 函数的差分状态测试步骤。错误说“错误：数据对象为 NULL”。我尝试了 DS 测试的替代方法（“diffcyt-DS-LMM”），但仍然失败。

发生了以下代码：DA 测试成功但 DS 测试失败。

非常感谢！

out_da <- diffcyt(sce,
                clustering_to_use = "meta20",
                analysis_type = "DA",
                method_DA = "diffcyt-DA-edgeR",
                design = design, 
                contrast = contrast)

<块引用>

使用来自 CATALYST 的 SingleCellExperiment 对象作为输入使用存储在“cluster_codes”数据框的“meta20”列中的聚类中的聚类 ID 来自 CATALYST 的 SingleCellExperiment 对象的“元数据” 计算特征... 使用方法 'diffcyt-DA-edgeR' 计算 DA 测试...

out_ds <- diffcyt(sce,
               clustering_to_use = "meta10",
               analysis_type = "DS",
               method_DS = "diffcyt-DS-limma",
               design = design,
               contrast = contrast)

<块引用>

使用来自 CATALYST 的 SingleCellExperiment 对象作为输入使用存储在“cluster_codes”数据框的“meta10”列中的聚类中的聚类 ID 来自 CATALYST 的 SingleCellExperiment 对象的“元数据” 计算特征... 使用方法'diffcyt-DS-limma'计算DS测试...... 错误：数据对象为NULL

用于差分状态测试的 diffcyt() 函数失败

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