Question

我是perl的新手，我在计算文件中的记录时遇到问题，因为我的文件有不同的串行排列组，我想将它们放入从AC到//由1条记录组成的记录中。你能帮帮我吗...谢谢你...

输入文件：

//
AC  T00001
FA  AAF
OS  human, Homo sapiens
//
AC  T00002
FA  ACE2
OS  yeast, Saccharomyces cerevisiae
SQ  MDNVVDPWYINPSGFAKDTQDEEYVQHHDNVNPTIPPPDNYILNNENDDGLDNLLGMDYY
//
AC  T00003
FA  AS-C T3
OS  fruit fly, Drosophila melanogaster
SQ  MTSICSSKFQQQHYQLTNSNIFLLQHQHHHQTQQHQLIAPKIPLGTSQLQNMQQSQQSNV
SQ  GPMLSSQKKKFNYNNMPYGEQLPSVARRNARERNRVKQVNNGFVNLRQHLPQTVVNSLSN
SQ  GGRGSSKKLSKVDTLRIAVEYIRGLQDMLDDGTASSTRHIYNSADESSNDGSSYNDYNDS
SQ  LDSSQQFLTGATQSAQSRSYHSASPTPSYSGSEISGGGYIKQELQEQDLKFDSFDSFSDE
SQ  QPDDEELLDYISSWQEQ
//
AC  T00004
FA  Sc
OS  fruit fly, Drosophila melanogaster
SQ  MKNNNNTTKSTTMSSSVLSTNETFPTTINSATKIFRYQHIMPAPSPLIPGGNQNQPAGTM
SQ  PIKTRKYTPRGMALTRCSESVSSLSPGSSPAPYNVDQSQSVQRRNARERNRVKQVNNSFA
SQ  RLRQHIPQSIITDLTKGGGRGPHKKISKVDTLRIAVEYIRSLQDLVDDLNGGSNIGANNA
//

Answer 1

您应该只能更改输入记录分隔符（请参阅perlvar）：

$/ = '//';
while (<>)
{
    # record is in $_, now do something with it...
}

编辑：如果您的目标只是计算记录，您可以做类似......

my @lines = <>;
my @lines_with_ac = grep { /^AC/ } @lines;
my $number_of_records = scalar @lines_with_ac;

Answer 2

此脚本将计算文件中存在多少//个已终止的记录：

#!/usr/bin/perl

$/ = '//';
open FH, "/path/to/my/file";
my $count;
while (<FH>) {
    $count++;
}
close FH;
print "$count records\n";

请注意，在这种情况下，您可能会收到+1错误，因为您的文件以//启动 - 这意味着它读取的第一个“记录”将为空。如果这是一个问题，只需从最终结果中减去一个。

Answer 3

运行它：perl script.pl inputfile

use warnings;
use strict;
use Data::Dumper;

my @records;

my $i = 0;
while (<>)
{
  if (/^AC/../\/\//){
    chomp;
    /\/\// ? $i++ : push @{$records[$i]},$_;
  }
}

foreach (0 .. $#records){
  print "record", $_+1, ":\n\n";
  print Dumper $records[$_];
  print "\n\n"
}

Answer 4

根据我得到的内容，你想要创建记录，其中包含AC值作为ID并以//字符串结束。

以下脚本将获取所有ID T * * ，并为每个ID创建一个哈希值。最后一行允许您计算此哈希值中的记录数。

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

use Data::Dumper;

my @lines;
my %hash;
my $opId;

open my $input_fh, "<", 'so.input';
chomp(@lines = <$input_fh>);
close $input_fh;

foreach (@lines) {
    if (/(?<ctrl>.{2})(\s+)(?<value>.*)/) {
        if ($+{ctrl} eq 'AC') {
            $opId = $+{value};
        }   
        $hash{$opId}{$+{ctrl}} .= $+{value};
    }   
}

my @records = keys %hash;

print Dumper(%hash);
print @records . " records had been found on this file\n";

我希望这就是你的要求，

Answer 5

如果您的文件名为test.data，请在命令行上输入

cat test.dat | perl -ne 'print if /^AC/;' | wc -l

打印以AC开头的行数。这假定所有记录都以AC开头，而术语AC仅用作记录的开头。

您也可以在没有perl的情况下执行此操作：

cat test.dat | egrep "^AC" | wc -l

命令行非常有趣。

如何计算perl中txt文件中的记录

5 个答案: