有没有办法指定要在 heatmaply 中返回的 kmeans 集群的数量

Question

我想从 heatmaply 为我的交互式热图返回特定数量的集群，就像我可以用 pheatmap 和 kmeans_k = 参数做的那样。有没有办法用 heatmaply 做到这一点？

如果我有一个很大的矩阵并且没有定义用热图返回的簇数，计算热图需要很长时间，否则我会得到错误：“向量内存耗尽（达到限制？）”。

library(pheatmap)
data(mtcars)
mat <- as.matrix(mtcars)

pheatmap(
  mtcars,
  border_color = "grey20",
  main = "",
  show_rownames = TRUE,
  show_colnames = TRUE,
  kmeans_k = 30,
  cluster_rows = F,
  cluster_cols = F
)

Answer 1

您想使用 k_col 和或 k_row 参数。

您可以在 vignette 中看到示例，但只是一个简单的示例：

library("heatmaply")
heatmaply(mtcars, k_col = 2, k_row = 4)

输出：