Question

我想使用 tidygraph 获取沿两个节点之间最短路径的节点序列。考虑这个例子。

library(tidygraph)
library(tidyverse)
demo_netw <- tbl_graph(nodes = tibble(node_id = c("A", "B", "C", "D")),
                       edges = tribble(~from, ~to,
                                       "B", "A",
                                       "D", "C",
                                       "A", "D"))
shortest_path_from_B_to_C <-
  demo_netw %>%
  convert(to_shortest_path, node_id == "B", node_id == "C")
shortest_path_from_B_to_C

## # A tbl_graph: 4 nodes and 3 edges
## #
## # A rooted tree
## #
## # Node Data: 4 x 2 (active)
##   node_id .tidygraph_node_index
##   <chr>                   <int>
## 1 A                           1
## 2 B                           2
## 3 C                           3
## 4 D                           4
## #
## # Edge Data: 3 x 3
##    from    to .tidygraph_edge_index
##   <int> <int>                 <int>
## 1     2     1                     1
## 2     4     3                     2
## 3     1     4                     3

输出显示节点A、B、C和D在最短路径上，但没有显示节点的顺序是B -> A -> D -> C。返回的边数据也没有显示边的顺序。

我知道我可以用 igraph 完成这些任务。

library(igraph)
demo_igraph <-
  demo_netw %>%
  activate(edges) %>%
  as_tibble() %>%
  graph_from_data_frame()

# We cannot easily access the node_id column, so we must manually make the
# mapping "B" -> "2", "C" -> "3"
shortest_paths(demo_igraph, "2", "3")$vpath

## [[1]]
## + 4/4 vertices, named, from a854191:
## [1] 2 1 4 3

然而，由于多种原因，这并不优雅。

我正在寻找一种不依赖其他软件包的 tidygraph 解决方案。
导出tidygraph边数据时，节点数据列node_id中包含的信息丢失，所以我必须手动进行映射“B”->“2”，“C”->“3 " 或者编写更复杂的代码来连接来自节点和边缘数据的信息。
我希望输出为 "B" "A" "D" "C"，而不是 2 1 4 3。

是否有一些直接的方法可以直接使用 tidygraph 获取沿最短路径的节点序列？

Answer 1

编辑：可以使用任何名称作为 node_key 参数，这将导致成功构建 tbl_graph。但是，将其传递给 igraph 函数仅在节点数据中的列被称为 name 时才有效。这可能是需要向 tidygraph 报告的问题。

可以通过使用 tidygraph 函数直接使用 igraph 执行此操作，请考虑以下事项：

tbl_graph 对象是 igraph 的子类，因此无需将您的数据转换为 tibble，然后从数据框中转换为 igraph，您可以直接将 igraph 函数运行到 {{1} } 对象。
在构建图表时可以设置 tbl_graph 参数。这被传递到 node_key 并因此存储在其属性中。但是，像您在示例中所做的那样使用 igraph 将不起作用，因为 node_id 在内部对节点索引使用相同的名称，因此会以某种方式被覆盖。因此，如果您调用不同于“node_id”的节点键列，则可以将其设置为 igraph 参数。
根据 node_key，应该可以将列名作为 tidygraph 传递，请参阅 here。

<块引用>

node_key 节点中的列的名称，该列的字符代表列和来自列的字符应与之匹配。如果 NA 总是选择第一列。如果 to 和 from 以整数形式给出，则此设置无效。

如果带有 ID 的列名为 node_key，那么 name 也会识别它，并在调用 igraph 函数时返回命名路径。但是，当将任何其他节点列作为 shortest_paths() 传递时，这似乎会失败，因此对于此示例，我们可以调用列 node_key。

请参阅下面的相同代码，并在构造过程中进行了这些修改，以及您要求的输出。

name

Tidygraph：沿最短路径获取节点序列

1 个答案: