我正在尝试在 Docker 中创建一个 conda 环境,该环境过去运行良好。然而,最近我遇到了以下错误
命令
conda env create --file /workflow/environment.yml
错误
Pip subprocess error:
ERROR: Invalid requirement: '=' (from line 9 of /workflow/condaenv.8c7h85ns.requirements.txt)
Hint: = is not a valid operator. Did you mean == ?
这是我的 environment.yml
文件的内容
name: pipeline
channels:
- conda-forge
- bioconda
dependencies:
- python=3.7
- pip=20.2.*
- snakemake=5.22.*
- nanoplot=1.31.*
- nanofilt=2.7.*
- nanoqc=0.9.*
- minimap2=2.*
- seqkit=0.13.*
- cutadapt=2.*
- plotly=4.8.*
- spoa=4.*
- seaborn=0.10.*
- edlib>=1.1.2
- natsort=7.1.*
- pip:
- networkx==2.3.*
我唯一使用 pip 的地方是在最后一行,而且我已经在使用双等号了。我尝试在 docker 之外创建环境,这很有效。我不确定这是哪里出了问题。
感谢您的帮助!