在 Docker 中创建 conda 环境失败

时间:2020-12-23 18:40:41

标签: docker pip conda

我正在尝试在 Docker 中创建一个 conda 环境,该环境过去运行良好。然而,最近我遇到了以下错误

命令
conda env create --file /workflow/environment.yml

错误

Pip subprocess error:
ERROR: Invalid requirement: '=' (from line 9 of /workflow/condaenv.8c7h85ns.requirements.txt)
Hint: = is not a valid operator. Did you mean == ?

这是我的 environment.yml 文件的内容

name: pipeline
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
dependencies:
  - python=3.7
  - pip=20.2.*
  - snakemake=5.22.*
  - nanoplot=1.31.*
  - nanofilt=2.7.*
  - nanoqc=0.9.*
  - minimap2=2.*
  - seqkit=0.13.*
  - cutadapt=2.*
  - plotly=4.8.*
  - spoa=4.*
  - seaborn=0.10.*
  - edlib>=1.1.2
  - natsort=7.1.*
  - pip:
        - networkx==2.3.*

我唯一使用 pip 的地方是在最后一行,而且我已经在使用双等号了。我尝试在 docker 之外创建环境,这很有效。我不确定这是哪里出了问题。

感谢您的帮助!

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