对于每种情况，我都有3次生物学重复-对照和治疗。 我正在尝试量化治疗后细胞类型特异性基因表达的变化。
我是一个初学者，所以我在Satija实验室的网站上完成了指导性聚类教程，以熟悉R。我对Controls（聚合了3个重复项）和Treatments（聚合了3个重复项）的聚合数据进行了此操作。聚合是用cellranger aggr完成的。我能够对“控制与治疗”中的数据进行聚类，并确定我感兴趣的细胞是哪些簇，以及与该特定治疗类型中的其他簇相比，那些簇中差异表达的基因。
我找到了用于集成PBMC数据集以学习特定于细胞类型的响应的教程。 （https://satijalab.org/seurat/v3.2/immune_alignment.html）我正在尝试使用我的数据来解决这个问题。
为此，我有一个问题-我不了解在Seurat中集成数据的工作流程。我相信这是需要做的，请纠正我误会的地方：
我计划将所有6个数据集分别加载到Seurat，然后遵循以下协议：https://rpubs.com/mathetal/integratedanalysis 在整合步骤之前，我计划将元数据添加到6个元数据中，以帮助我以后了解哪些样本为对照，哪些为处理。上面的方法仍然可以处理6个样本，而不是2个样本吗？在使用Seurat分析之前，应以任何方式使用cellranger aggr吗？