Question

我有这个输入文件

gb|KY798440.1|
gb|KY842329.1|
MG082893.1
MG173246.1

，我想获取“ |”之间的所有字符如果没有“ |”，则用实线表示。这是所需的输出，看起来像

KY798440.1
KY842329.1
MG082893.1
MG173246.1

我写道：

while IFS= read -r line; do
    if [[ $line == *\|* ]] ; then
    sed 's/.*\|\(.*\)\|.*/\1/' <<< $line >> output_file
    else echo $line >> output_file
     fi
done < input_file

哪个给我

empty line
empty line
MG082893.1
MG173246.1

（注意：empty line表示实际的空行-实际上不写“空行”）

sed命令仅在单个示例上工作（即sed 's/.*\|$.*$\|.*/\1/' <<< "gb|KY842329.1|"输出KY842329.1），但在循环内仅执行行返回。 else echo $line >> output_file似乎有效。

Answer 1

裸机：

$ sed 's/^[^|]*|\||[^|]*$//g' file

输出：

KY798440.1
KY842329.1
MG082893.1
MG173246.1

Answer 2

你可以做

sed '/|/s/[^|]*|\([^|]*\)|.*/\1/' input

或

awk 'NF>1 {print $2} NF < 2 { print $1}' FS=\| input

或

sed -e 's/[^|]*|//' -e 's/|.*//' input

while循环内的sed命令不会写入输出

2 个答案: