Question

我正在尝试通过history.sh脚本在群集上运行我的bash脚本submit_history.sh。我想在一个数组中执行此操作，它似乎正在工作，但是它不执行我的history.sh并输出如下错误行： cpu-bind=MASK - chuck-11, task 0 0 [3040]: mask 0x40000 set。试图找到答案的时间已经很长了，但是似乎根本没有。

submit_history.sh文件：

#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH -p long 

#SBATCH -J history_bin_50
#SBATCH --output="history-%j.out"
#SBATCH --array=0-97%4

path=($(awk '!x[$1]++{print $1}' escape50_bin.txt | cut -d "/" -f4-  | awk '{print "/work/chuck/mocca/ahypki/"$1}'))

./history.sh "${path[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}"

history.sh文件：

#!/bin/bash -l

path=$1
path=$(echo "$path/escape.dat")
ids=($(awk -v path=$path '($1 == path){print $5, $6}' escape50_bin.txt))

path_to_dir=$(dirname $path)
#echo $path_to_dir
dashed_path=$(echo $path_to_dir | cut -d "/" -f7-13)
dashed_path=${dashed_path////-}
#echo $dashed_path
for (( j = 0; j < ${#ids[*]}; ++ j ))
do
        output_file="/work/chuck/mocca/kmaliszewski/escaper_history/bin50/imbh-$dashed_path-${ids[j]}.dat"
        #echo $output_file
        #echo ${ids[j]}
        echo "Executing command:"
        echo "mm history --path $path_to_dir --output $output_file --id ${ids[j]}"
        if [[ ! -f "$output_file" ]]; then
                mm history --path $path_to_dir --output $output_file --id ${ids[j]}
        fi
done

注意：mm history是安装在群集上的正常运行的命令

批处理数组任务无法运行bash脚本

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