为什么在绘制图形边缘时nx.draw_networkx_edges不连接节点？

Question

我有一个要绘制的图形G。 G是空间有向图，因此我的节点具有要在其上绘制的特定坐标。该图是使用here中的sknw.build_sknw根据图像的形态骨架构建的（但我认为它起的作用不大）。 但是，在绘制时，我遇到了一些边连接问题，其中两个相邻节点之间的某些边在图中不连接。它们指向正确的方向，但太短了。但是，这仅在某些边缘发生。大多数可以正确显示：

这是一个包含3个节点和2条边的最小示例，它再现了该错误：

我正在通过以下方式从边列表中读取图形：

G = nx.read_edgelist('test.edgelist', data=True, create_using=nx.DiGraph())

test.edgelist如下所示：

2789 2762 {'pts': [[697, 259], [698, 259], [699, 259], [700, 259], [701, 259], [702, 259], [703, 259], [704, 259], [705, 259]], 'weight': 8.0}
2789 2823 {'pts': [[708, 264], [707, 265], [706, 266], [706, 267], [706, 268], [706, 269], [705, 270], [704, 271], [703, 272], [702, 273], [701, 274], [700, 275], [699, 275], [698, 275], [697, 275], [696, 275], [695, 276], [695, 277], [695, 278], [695, 279], [695, 280], [695, 281], [695, 282], [696, 283], [697, 284], [697, 285], [697, 286], [697, 287], [698, 288], [698, 289], [699, 290], [699, 291], [699, 292], [699, 293], [700, 294], [700, 295], [701, 296], [701, 297], [701, 298], [702, 299], [702, 300], [703, 301], [704, 302], [705, 303], [706, 304], [707, 305], [707, 306], [708, 307], [708, 308], [709, 309], [710, 309], [711, 310], [712, 310], [713, 310]], 'weight': 62.94112549695427}

“ pts”列表对应于两个交叉点（即我图中的节点）之间的原始形态骨架的像素（第一幅图像中为白色）。

我使用nx.draw_networkx_edges和nx.draw_networkx_nodes绘制图形。我用看起来像这样的坐标coord_dict的字典来定义布局：

coord_dict = {'2789': [707, 261], '2823': [714, 311], '2762': [695, 259]}

现在，每当我使用以下代码绘制图形时：

edges = nx.draw_networkx_edges(G, pos=coord_dict, arrows=True, arrowstyle='->', edge_color='green', arrowsize=0.75, width=0.45, ax=ax)
nodes = nx.draw_networkx_nodes(G, pos=coord_dict, node_size=0.15, node_color='red')

我得到一个这样的图，其中边不连接到第二个节点：

我已经知道，当不通过arrows=False绘制边缘时，直边将连接起来。但是，箭头对于我的可视化很重要，因此，我将感谢您为克服此绘图问题提供的帮助。另外，我想了解有关为什么某些箭头可以正确连接而其他箭头不能正确连接的一般问题。谢谢！

Answer 1

之所以发生这种情况，是因为边缘和节点是独立生成的，并且手动设置大小和宽度可能导致节点与边缘稍微分开。如果您不需要分别绘制它们，只需通过一次调用nx.draw即可完成：

nx.draw(G, pos=coord_dict, 
        arrowstyle='->', 
        arrowsize=20, 
        width=2,
        with_labels=True, 
        node_size=500, 
        node_color='orange',
        edge_color='green')

或者，与您做的相同，但避免自定义节点和箭头的大小：

plt.figure(figsize=(8,5))
ax = plt.gca()
nx.draw_networkx_edges(G, pos=coord_dict, arrows=True, arrowstyle='->', 
                       edge_color='green', width=2, ax=ax)
nx.draw_networkx_nodes(G, pos=coord_dict, node_color='orange')
nx.draw_networkx_labels(G, pos=coord_dict)
plt.box(False)