我有一个数据帧(称为df),其当前格式如下:
1 2 3
1 1 0.26 0.02
2 0.26 1 0.61
3 0.02 0.61 1
这些ID由一个值连接,我想以某种方式提取所有唯一的ID值,以便以更有效的方式将它们添加到networkx上的图形中。
输出应如下所示:
ed_list = [(1,2,{'weight': 0.26}),(1,3,{'weight': 0.02}),(2,3,{'weight':0.61})]
目前,我使用以下方法:
# Create matrix
new_ = df.values
A_d = np.matrix(new_)
G = nx.from_numpy_matrix(A_d)
我想知道从df创建元组列表是否可以更容易/更有效,我可以用它来连接节点,然后在其中添加如下边:
G.add_edges_from(ed_list)
编辑:我在上一个版本的问题中犯了一个错误-列名和行名只是整数
答案 0 :(得分:4)
您可以尝试:
# this s is what you are looking for
s = df.where(df.index.values > df.columns.values[:,None]).stack().reset_index(name='weight')
# we can use dataframe directly
G = nx.from_pandas_edgelist(s,source='level_0',target='level_1', edge_attr='weight')
或更简单:
G = nx.from_pandas_adjacency(df)