Question

这几乎是一个编程问题，但面向物理学家。

假设我正在编写一个软件，它将一些系统参数作为输入，然后从中计算一些东西，在我的例子中是一个频谱函数$ A（k，\ omega）$。

当我想取输出并将其输入到gnuplot时，我应该让程序输出一个简单的表，其中一列为$ k $ -values，一列为$ \ omega $，另一列为$ A（k），\欧米加）$。

但是我无法存储所有附加信息，例如使用了哪些参数。也许我想在输出中存储一些额外的调试信息，例如中间数量。在我的例子中，光谱函数是从自身能量获得的，所以在某些情况下我可能想直接看自身能量。

我不想根据我想要的输出不断破解源代码。如果 all “运行”的相关数据将出现在单个文件/实体中会更好，但是仍然可以很容易地提取我可以提供给gnuplot的表。

不想重新发明轮子并开发完整的文件格式，在创建，处理和存储计算或模拟数据时最好使用一些“标准”吗？甚至可能是SQL数据库格式？

Answer 1

有几十种方法，没有太好的方法;我会分享两个我的：

如果该程序是值得的，我添加一个小的配置文件解析器。然后我就制作一个cofig，比方说SimA.in，模拟器会生成一堆包含相应数据SimA.paths，SimA.stats，SimA.log等的文件。除非这些名称是独特的，我添加了代码版本进行记录，这使得结果完全可重复，模拟本身便于移植，易于管理。
如果没有，我只需稍微包装一下代码并使用R作为主机。然后我只返回所有数组和标量（R数据结构非常灵活，很容易构建原生R或C结构）并使用R来管理，保存/加载，当然还可以显示和分析数据。此外，通过Sweave和CacheSweave，整个执行，分析和报告可以优雅地捆绑在一起，完全可以通过一个命令重现。

如果您需要“企业”解决方案，请尝试NetCDF或HDF5。但我觉得这可能有点过头了。

当然，必须对模拟器代码进行版本控制。但那很明显=）

Answer 2

对于我目前正在使用Python和C ++（通过SWIG）的项目，我打算使用一个简短的python脚本作为输入文件。因此，在某种程度上，我将“破解源代码”以更改参数，但是使用解释语言，而不是编译语言。

目前，我计划有一个像parameters.py这样的输入文件，并像from parameters import params一样使用它。但这可能过于依赖正确的语法。

params = {
"foods" : ["spam", "beans", "eggs"],
"costs" : [199, 4, 1],
"customerAge" : 23,
}

另一种选择可能是在parameters2.py中仅在脚本级别定义变量。这会丢失漂亮的字典包装，但却让用户更加难以理解它。而编写一个将这些脚本级变量放入一个漂亮的字典中的“解析器”可能并不困难。方法的一个优点是用户可以参数化最初未考虑的事物 - from parameters2 import *将覆盖这些参数的先前定义。当然，如果用户覆盖重要的内容，这可能会很糟糕。

foods = ["spam", "beans", "eggs"]
costs = [199, 4, 1]
customerAge = 23

parameters3.py会使用一个类，但Python对缩进的持续性是禁忌的。 from parameters3 import params：

class params:
    foods = ["spam", "beans", "eggs"]
    costs = [199, 4, 1]
    customerAge = 23

为了完整起见，我还应该提一下，我们的C ++代码也定义了一个参数类。也就是说，在我们的实际项目中，parameters.py是相应C ++类的SWIG包装器。你会像from parameters4 import params一样使用。但是，这只允许已经在C ++类中声明的参数。

import parameters
params = parameters.Parameters()
params.foods = ["spam", "beans", "eggs"]
params.costs = [199, 4, 1]
params.customerAge = 23

格式化模拟输出的良好实践

2 个答案: