Snakemake-检查点结束后继续处理单个文件

Question

当在检查点之后继续处理单独的文件时，我似乎无法理解snakemakes检查点功能。 我的工作流程将导致一个检查点，其中输出的床文件数量未知。所有这些都是下游分析所需要的，并且保留其唯一名称以供识别。

代码将与此类似：

rule all:
   input: 
     ??


rule one:
    input:
        {wildcard1}_{wildcard2}.csv
    ouput:
        {wildcard1}_{wildcard2}.rsd
    shell:
        "do something"

checkpoint two:
    input:
        {wildcard1_{wildcard2}.rsd
    output:    
        Directory("{wildcard1}_{wildcard2}_bedfiles")
        Bedfile[X].bed                                     #[X] are integers as identifiers
    script:
        "Rscript makebed.R"   

rule analyze_bed:
   input: 
      Bedfile[X].bed
   ouput:
      Bedfile[X]_analyzed.bed
      directory(Bedfiles                                    
   shell:
      "mkdir Bedfiles" 
      "Rscript analyze_bedfiles.R"
      

在检查点之后，我如何让蛇制作器单独处理未知数目的床单？

谢谢！