从r gtsummary :: tbl_summary中的总观测值计算百分比？

Question

问题：在SingleChildScrollView.中，gtsummary函数计算了全部非缺失观测值中的列百分比。我希望tbl_summary从缺失和不缺失观测值的总数中计算百分比。

来自http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/articles/gallery.html的gtsummary表格库中的示例

gtsummary

等级没有遗漏的观察结果，因此，药物A组中有35位患有1级疾病的人是35/98（36％）。

现在，将3年级重新编码为丢失：

trial[c("trt", "age", "grade")] %>%
  tbl_summary(
    by = trt, 
    missing = "no",
    statistic = all_continuous() ~ "{median} ({p25}, {p75}) [N = {N_nonmiss}]"
  ) %>%
  modify_header(stat_by = md("**{level}**<br>N =  {n} ({style_percent(p)}%)")) %>%
  add_n() %>%
  bold_labels() %>%
  modify_spanning_header(starts_with("stat_") ~ "**Chemotherapy Treatment**")

重新运行trial$grade[trial$grade %in% "III"] <- NA trial$grade <- droplevels(trial$grade) ：

tbl_summary

1级现在表示为n = 35，占67（52％）个不遗漏的obs。在药物A组中。我仍然希望将百分比表示为98个人中的36％。在trial[c("trt", "age", "grade")] %>% tbl_summary( by = trt, missing = "no", statistic = all_continuous() ~ "{median} ({p25}, {p75}) [N = {N_nonmiss}]" ) %>% modify_header(stat_by = md("**{level}**<br>N = {n} ({style_percent(p)}%)")) %>% add_n() %>% bold_labels() %>% modify_spanning_header(starts_with("stat_") ~ "**Chemotherapy Treatment**") 中有办法做到这一点吗？

Answer 1

我认为，获得所需内容的最佳方法是使用forcats::fct_explicit_na()函数使缺失值成为显式NA。当NA值是一个因子水平时，它将被包含在分母中以进行百分比计算。

library(gtsummary)
library(tidyverse)


trial %>%
  select(response, trt) %>%
  # make missing value explicit for categorical variables, using fct_explicit_na
  mutate(response = factor(response) %>% fct_explicit_na()) %>%
  # summarize data
  tbl_summary(by = trt)

此解决方案对您有用吗？