Snakemake:不解析输入中的通配符

时间:2020-08-15 17:16:11

标签: python snakemake

我想使用在输入字符串中需要*R{1,2}的管道。

rule preprocess:
    input:
        reads = '{WORKDIR}/*/*R{1,2}.fastq.gz'
    output:
        bam = '{WORKDIR}/mapping/bwa/{sample}.bam'
    shell:
        "nextflow run somePipeline "
        "--reads '{input.reads}' "

最终的shell命令应为: nextflow run somePipeline --reads 'work_dir/main_sample_folder/*/*R{1,2}.fastq.gz'

但是,Snakemake认为'R {1,2}是通配符,并产生以下错误:

Wildcards in input files cannot be determined from output files:
'1'

我曾尝试用双大括号R{{1,2}}和反斜杠R\{1,2\}来使大括号转义,但这没用。

如何对输入的R{1,2}部分进行转义,以使Snakemake认为这不是通配符,而是字符串的一部分?

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