我想使用在输入字符串中需要*
和R{1,2}
的管道。
rule preprocess:
input:
reads = '{WORKDIR}/*/*R{1,2}.fastq.gz'
output:
bam = '{WORKDIR}/mapping/bwa/{sample}.bam'
shell:
"nextflow run somePipeline "
"--reads '{input.reads}' "
最终的shell命令应为:
nextflow run somePipeline --reads 'work_dir/main_sample_folder/*/*R{1,2}.fastq.gz'
但是,Snakemake认为'R {1,2}是通配符,并产生以下错误:
Wildcards in input files cannot be determined from output files:
'1'
我曾尝试用双大括号R{{1,2}}
和反斜杠R\{1,2\}
来使大括号转义,但这没用。
如何对输入的R{1,2}
部分进行转义,以使Snakemake认为这不是通配符,而是字符串的一部分?