将Matplotlib图像渲染到烧瓶中
我有一个python脚本，可以使用dna_feature_viewer为蛋白质域生成图像，并且工作正常。我正在使用flask，并希望在网页中显示此图像。
我在脚本下面附加：
@app.route('/image' )
def image():
d={'domain1': ['4-50'], 'domain2': ['70-100']}
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Alphabet import generic_protein
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation
from dna_features_viewer import BiopythonTranslator
myseq='''MNEGFSEGEMETDRRTCSQQALHKDVEGKERRCQTCRSHLWLVALGLVLLSLTLCIFSLKYFWSPGPRKVYKHQYKVLLD
GVEMDSVMEIDPNRLMEMFKVGNGSDEVLEVHDFKNGLTGI'''
sequence_object = Seq(myseq, generic_protein)
# Create a record
record = SeqRecord(sequence_object,
id='123456789',
name='Example',
description='An example ')
for keys, values in d.items():
for i in range(len(values)):
value_split_START=int(values[i].split('-')[0])
value_split_END=int(values[i].split('-')[1])
feature = SeqFeature(FeatureLocation(start=value_split_START, end=value_split_END),
type=keys)
record.features.append(feature)
graphic_record = BiopythonTranslator().translate_record(record)
ax, _ = graphic_record.plot(figure_width=10, strand_in_label_threshold=7)
image_filename=ax.figure.savefig("static/images/image.png")
return render_template("image.html", imageout=image_filename)
脚本2。HTML脚本
<img src="{{url_for('static', filename=image_filename )}}" />
运行flask脚本时，它将停止并显示以下错误：
WARNING: NSWindow drag regions should only be invalidated on the Main Thread! This will throw an exception in the future. Called from (
0 AppKit 0x00007fff292cf607 -[NSWindow(NSWindow_Theme) _postWindowNeedsToResetDragMarginsUnlessPostingDisabled] + 378
1 AppKit 0x00007fff292cc9f7 -[NSWindow _initContent:styleMask:backing:defer:contentView:] + 1479
2 AppKit 0x00007fff292cc42a -[NSWindow initWithContentRect:styleMask:backing:defer:] + 45
3 _macosx.cpython-37m-darwin.so 0x00000001233d283e -[Window initWithContentRect:styleMask:backing:defer:withManager:] + 94
4 _macosx.cpython-37m-darwin.so 0x00000001233d6745 FigureManager_init + 341
5 python 0x000000010ed985ac wrap_init + 12
6 python 0x000000010ed2255e wrapperdescr_call + 254
7 python 0x000000010ed16ae3 _PyObject_FastCallKeywords + 179
8 python 0x000000010ee53ed5 call_function + 453
9 python 0x000000010ee51aec _PyEval_EvalFrameDefault + 46092
10 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
11 python 0x000000010ed98381 slot_tp_init + 193
12 python 0x000000010eda2361 type_call + 241
13 python 0x000000010ed16ae3 _PyObject_FastCallKeywords + 179
14 python 0x000000010ee53ed5 call_function + 453
15 python 0x000000010ee51aec _PyEval_EvalFrameDefault + 46092
16 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
17 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
18 python 0x000000010ee51aec _PyEval_EvalFrameDefault + 46092
19 python 0x000000010ee4549e _PyEval_EvalCodeWithName + 414
20 python 0x000000010ed15de7 _PyFunction_FastCallDict + 231
21 python 0x000000010ed19ce2 method_call + 130
22 python 0x000000010ed17752 PyObject_Call + 130
23 python 0x000000010ee51d58 _PyEval_EvalFrameDefault + 46712
24 python 0x000000010ee4549e _PyEval_EvalCodeWithName + 414
25 python 0x000000010ed15de7 _PyFunction_FastCallDict + 231
26 python 0x000000010ee51d58 _PyEval_EvalFrameDefault + 46712
27 python 0x000000010ee4549e _PyEval_EvalCodeWithName + 414
28 python 0x000000010ed16fe3 _PyFunction_FastCallKeywords + 195
29 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
30 python 0x000000010ee51be0 _PyEval_EvalFrameDefault + 46336
31 python 0x000000010ee4549e _PyEval_EvalCodeWithName + 414
32 python 0x000000010ed16fe3 _PyFunction_FastCallKeywords + 195
33 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
34 python 0x000000010ee51be0 _PyEval_EvalFrameDefault + 46336
35 python 0x000000010ee4549e _PyEval_EvalCodeWithName + 414
36 python 0x000000010ed15de7 _PyFunction_FastCallDict + 231
37 python 0x000000010ee51d58 _PyEval_EvalFrameDefault + 46712
38 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
39 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
40 python 0x000000010ee51a56 _PyEval_EvalFrameDefault + 45942
41 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
42 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
43 python 0x000000010ee51a56 _PyEval_EvalFrameDefault + 45942
44 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
45 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
46 python 0x000000010ee51a56 _PyEval_EvalFrameDefault + 45942
47 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
48 python 0x000000010ed9646d slot_tp_call + 189
49 python 0x000000010ed16ae3 _PyObject_FastCallKeywords + 179
50 python 0x000000010ee53ed5 call_function + 453
51 python 0x000000010ee51aec _PyEval_EvalFrameDefault + 46092
52 python 0x000000010ed2fe49 gen_send_ex + 169
53 python 0x000000010ee50c83 _PyEval_EvalFrameDefault + 42403
54 python 0x000000010ee4549e _PyEval_EvalCodeWithName + 414
55 python 0x000000010ed16fe3 _PyFunction_FastCallKeywords + 195
56 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
57 python 0x000000010ee51b27 _PyEval_EvalFrameDefault + 46151
58 python 0x000000010ee4549e _PyEval_EvalCodeWithName + 414
59 python 0x000000010ed16fe3 _PyFunction_FastCallKeywords + 195
60 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
61 python 0x000000010ee51a56 _PyEval_EvalFrameDefault + 45942
62 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
63 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
64 python 0x000000010ee51a56 _PyEval_EvalFrameDefault + 45942
65 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
66 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
67 python 0x000000010ee51aec _PyEval_EvalFrameDefault + 46092
68 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
69 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
70 python 0x000000010ee51a56 _PyEval_EvalFrameDefault + 45942
71 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
72 python 0x000000010ed98381 slot_tp_init + 193
73 python 0x000000010eda2361 type_call + 241
74 python 0x000000010ed16ae3 _PyObject_FastCallKeywords + 179
75 python 0x000000010ee53ed5 call_function + 453
76 python 0x000000010ee51aec _PyEval_EvalFrameDefault + 46092
77 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
78 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
79 python 0x000000010ee51a56 _PyEval_EvalFrameDefault + 45942
80 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
81 python 0x000000010ed19ce2 method_call + 130
82 python 0x000000010ed17752 PyObject_Call + 130
83 python 0x000000010ee51d58 _PyEval_EvalFrameDefault + 46712
84 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
85 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
86 python 0x000000010ee51a56 _PyEval_EvalFrameDefault + 45942
87 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
88 python 0x000000010ee53dc7 call_function + 183
89 python 0x000000010ee51a56 _PyEval_EvalFrameDefault + 45942
90 python 0x000000010ed168d5 function_code_fastcall + 117
91 python 0x000000010ed19ce2 method_call + 130
92 python 0x000000010ed17752 PyObject_Call + 130
93 python 0x000000010ef358cb t_bootstrap + 123
94 python 0x000000010eebc707 pythread_wrapper + 39
95 libsystem_pthread.dylib 0x00007fff57da22eb _pthread_body + 126
96 libsystem_pthread.dylib 0x00007fff57da5249 _pthread_start + 66
97 libsystem_pthread.dylib 0x00007fff57da140d thread_start + 13
）127.0.0.1--[05 / Aug / 2020 13:46:32]“ / image HTTP / 1.1” 200- 断言失败：（NSViewIsCurrentlyBuildingLayerTreeForDisplay（）！= currentBuildingLayerTree），函数NSViewSetCurrentlyBuildingLayerTreeForDisplay，文件/BuildRoot/Library/Caches/com.apple.xbs/Sources/AppKit/AppKit-1671.60.107/AppKit.subproj/NSView.m，第14221行。
我不知道为什么会这样。我将非常感谢您的帮助。 谢谢！
1 个答案:
答案 0 :(得分：1)
我无法重新创建此异常，因此我认为这可能是您的环境所特有的。
我在OSX上的Docker Desktop中运行的官方python Docker镜像中对此进行了测试。
也就是说，您的flask代码存在一些问题，我将在这里进行介绍。在您的image函数结束时，您可能应该做些类似的事情：
# ....
ax, _ = graphic_record.plot(figure_width=10, strand_in_label_threshold=7)
# This bit changes...
output_filename = "image.png"
output_path = os.path.join('static', output_filename)
# The return value of this is not a filename
image = ax.figure.savefig(output_path)
# You should actually be passing `output_filename` to the template
return render_template("image.html", image_filename=output_filename)
在这里注意：
-
output_filename是要将图像另存为的实际文件名 -
output_path是完整路径static/image.png。savefig方法仅使用此方法将文件实际保存到磁盘。 - 然后我们将
output_filename作为image_filename参数传递到模板，然后在模板中可用。
模板代码如下：
<img src="{{url_for('static', filename=image_filename )}}" />
依次生成HTML：
<img src="/static/image.png" />
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