Question

我的目录中包含许多压缩数据以及一些文件名。我有两种文件类型als.sumstats.lmm.chr和als.sumstats.meta.chr。 chr之后是1-22。我只想遍历als.sumstats.meta.chr。但是，我的代码无法正常工作。我一直得到gzip：/ALSsummaryGWAS/Summary_Statistics_GWAS_2016/als.sumstats.meta.chr*.txt.gz：没有这样的文件或目录，这表明我的循环找不到我的文件。有人可以帮忙吗？这就是我现在所拥有的。

#!/bin/bash

FILES=/ALSsummaryGWAS/Summary_Statistics_GWAS_2016/als.sumstats.meta.chr*.txt.gz
for f in $FILES;
do
 echo "$FILES"
 echo "extracting columns 2,1,3,9"
 gunzip -c $f | awk '{print $2, $1, $3, $14+$15}' >> ALSGWAS.txt
done

Answer 1

在脚本段中，通配符'*'模式作为字符串存储在$FILES变量中，需要在某个时候对其进行评估以获取匹配文件的列表。

为了对其进行评估，您可以像这样使用eval：

FILES="ls -1 /ALSsummaryGWAS/Summary_Statistics_GWAS_2016/als.sumstats.meta.chr*.txt.gz"
for f in $(eval $FILES);
do
    echo "$FILES"
    echo "processing $f"
    echo "extracting columns 2,1,3,9"
    gunzip -c $f | awk '{print $2, $1, $3, $14+$15}' >> ALSGWAS.txt
done

但是建议不要使用eval来进行此类操作（eval is dangerous），因此您可以这样尝试：

FILES=$(ls -1 /ALSsummaryGWAS/Summary_Statistics_GWAS_2016/als.sumstats.meta.chr*.txt.gz)
for f in $FILES;      
do
    echo "$FILES"
    echo "processing $f"
    echo "extracting columns 2,1,3,9"
    gunzip -c $f | awk '{print $2, $1, $3, $14+$15}' >> ALSGWAS.txt
done

linux基于文件路径循环遍历一组文件

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