Question

我有一个坐标列表：

coordinates = [[1,5], [10,15], [25, 35]]

我有一个字符串如下：

line = 'ATCACGTGTGTGTACACGTACGTGTGNGTNGTTGAGTGKWSGTGAAAAAKCT'

我想用coordinates替换'N'中成对表示的间隔作为开始和结束。

我唯一想到的方法是：

for element in coordinates:
    length = element[1] - element[0]
    line = line.replace(line[element[0]:element[1]], 'N'*length)

所需的输出将是：

line = 'ANNNNGTGTGNNNNNACGTACGTGTNNNNNNNNNNGTGKWSGTGAAAAAKCT'

其中间隔[1,5），[10,15）和[25、35）被N中的line替换。

这需要我每次遍历坐标列表并更新我的字符串行。我想知道是否还有另一种方法可以替换字符串中的间隔列表？

注意：此问题中的原始解决方案有问题。在line.replace(line[element[0]:element[1]], 'N'*length)中，replace将替换序列中与line[element[0]:element[1]]中的字符串相同的所有其他字符串实例，对于使用DNA的人来说，这绝对不是您想要的！但是，我保留解决方案，因为它不会干扰后面的评论和讨论的流程。

Answer 1

不要使用字符串连接（由于创建/销毁了字符串实例，这很浪费），请使用列表：

coordinates = [[1,5], [10,15], [25, 35]] # sorted

line = 'ATCACGTGTGTGTACACGTACGTGTGNGTNGTTGAGTGKWSGTGAAAAAKCT'

result = list(line)
# opted for exclusive end pos
for r in [range(start,end) for start,end in coordinates]:
    for p in r:
        result[p]='N'

res = ''.join(result)
print(res)

获得：

ANNNNGTGTGNNNNNACGTACGTGTNNNNNNNNNNGTGKWSGTGAAAAAKCT

已优化为使用切片和独占end：

for start,end in coordinates:
    result[start:end] = ["N"]*(end-start)

res = ''.join(result)
print(line)
print(res)

为您提供所需的输出：

ATCACGTGTGTGTACACGTACGTGTGNGTNGTTGAGTGKWSGTGAAAAAKCT 
ANNNNGTGTGNNNNNACGTACGTGTNNNNNNNNNNGTGKWSGTGAAAAAKCT

Answer 2

好问题，这应该起作用。

coordinates = [[1,5], [10,15], [25, 35]]
line = 'ATCACGTGTGTGTACACGTACGTGTGNGTNGTTGAGTGKWSGTGAAAAAKCT'
for L,R in coordinates:
    line = line[:L] + "N"*(R-L) + line[R:]
print(line)

您可能需要根据定义坐标的方式进行调整，例如。包含1的索引。

我们需要更多的与DNA合作的人员，所以很棒。

用python中的字符串中的索引替换字符列表

2 个答案: