我想模拟按时间索引的约束系统。这涉及基于某些逻辑/关系进行交互的代理/节点网络。我想将节点放在网格2D或3D上并不重要。我想在它们之间绘制边缘，并在它们旁边显示文本。我想给出节点上标签的逻辑并指出状态。以simjava的风格： simjava
但更多的是基于数学模拟而不是软件过程。图形工具会很有用等。 有什么好建议吗？有一个很好的软件可视化数据集。 Matlab的Simulink在非离散事件上有很多复杂性，并不像卡通那样有利于测试原理而不是分析。除非我错了，Simulink 提供这个
编辑：一个类似的问题询问动态图 stack overflow relevant question， 除了定制的解决方案之外，这个问题似乎没有任何具体的解决方案。
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HMM。不确定我是否在正确的轨道上，但是你看过graphviz吗？它将渲染图形（包括使用各种不同算法的自动布局）。存在来自各种语言的绑定，例如pydot用于python。如果您需要图形分析算法（例如最短路径），还有pygraphlib。
有graphviz的替代品，例如protovis / infovis。两者都是基于javascript的，提供强制导向的布局，并在浏览器中呈现。
道歉，如果我误解了问题，希望有所帮助。
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可能是MathGL（跨平台GPL绘图库）可以满足您的要求。图形可视化不是MathGL的主要目标。但是，它有一个基元（矩形，线条，标记，弯曲文本等），可以制作图形。它还可以处理3D数据。它允许交互 - 它返回选定位置的对象Id（鼠标单击）。
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如果您希望工具实际进行模拟加上viz，可能netlogo：https://ccl.northwestern.edu/netlogo/如果您只想查看时间变化的链接，可能是Gephi：http://gephi.github.io/或ndtv R套餐：http://cran.r-project.org/web/packages/ndtv/index.html