如何使用平方关系矩阵绘制PCA图

时间:2020-07-17 15:29:47

标签: r

我有一个平方关系矩阵,使用:

config/session.php

矩阵如下:

data<-input[,!names(input) %in% "gene"]
data1<-t(as.matrix(data[-1])) %*% as.matrix(data[-1]) / ncol(data)

我要绘制此矩阵的PCA图。我尝试使用:

            Sample1     Sample2     Sample3     Sample4
Sample1     9418618.2   13053118.21 10547526.06 13866574.6
Sample2     13053118.21 35073099.45 26735255.06 24575542.03
Sample3     10547526.06 26735255.06 23083477.94 19077039.18
Sample4     13866574.6  24575542.03 19077039.18 25187674.69
Sample5     9443282.04  23464046.78 26729979.61 12996476.38

但是它给出了错误:

res.pca <- prcomp(data, scale = TRUE)
summary(res.pca)
str(res.pca)
plot(res.pca$x[,1],res.pca$x[,2], xlab="PC1", ylab = "PC2", main = "PC1 / PC2 - plot11")

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