我使用Windows上的最新版本的Miniconda（ Miniconda3-py37_4.8.3-Windows-x86_64 ）在单独的conda环境中安装snakemake（ snakemake-minimal = 5.19.2 < / em>， python = 3.8.3 ）。 通过此设置，我尝试运行一个snakemake工作流程，该工作流程针对每个规则使用单独的conda环境。 该工作流程本身已在Ubuntu上进行了测试，并在其中正常运行。
但是，在上述Windows安装程序上运行时，我遇到了几个问题。
在研究这些问题时，我在snakemake/deployment/conda.py中偶然发现了一些似乎与Windows不兼容的东西。
我找到了2个示例，但我可以肯定还有更多示例：
conda env create与可选的--file和--prefix标签一起调用。在Windows上，其参数需要用双引号而不是单引号引起来。例如，第304行应显示为"--file \"{}\"".format(target_env_file)。source命令激活conda环境，显然与默认Windows设置不兼容。基于这些观察，我得出的结论是Windows当前不支持在单独的conda环境中运行snakemake规则。 但是，令我惊讶的是，我在文档或其他任何地方都没有提及此事。 我想念这里吗？我知道我可以使用WSL例如使其在Windows上运行，但是还有没有办法在“本机” Windows安装程序中运行它？