Question

即时通讯使用mac 10.6.7，xcode 4安装了gcc 4.2。但是当我安装biopython时： python setup.py安装在命令上，它在gcc：

上发出错误

10-54-41-155-wireless1x:biopython-1.57 xueran2010$ python setup.py install
running install
running build
running build_py
running build_ext
building 'Bio.cpairwise2' extension
gcc-4.2 -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -fwrapv -Os -Wall -Wstrict-prototypes -DENABLE_DTRACE -arch i386 -arch ppc -arch x86_64 -pipe -IBio -I/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/include/python2.6 -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.macosx-10.6-universal-2.6/Bio/cpairwise2module.o
/usr/libexec/gcc/powerpc-apple-darwin10/4.2.1/as: assembler         (/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/ppc/as or /usr/bin/../local/libexec/gcc/darwin/ppc/as) for architecture ppc not installed
Installed assemblers are:
/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/x86_64/as for architecture x86_64
/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/i386/as for architecture i386
Bio/cpairwise2module.c:639: fatal error: error writing to -: Broken pipe
compilation terminated.
lipo: can't open input file: /var/folders/ir/ir6RCJTKGB4QU5sVdTXwt++++TI/-Tmp-//cccUvTiF.out (No such file or directory)
error: command 'gcc-4.2' failed with exit status 1

Answer 1

我建议问题的根源是这一行：

/usr/libexec/gcc/powerpc-apple-darwin10/4.2.1/as: assembler (/usr/bin/../libexec/gcc/darwin/ppc/as or /usr/bin/../local/libexec/gcc/darwin/ppc/as) for architecture ppc not installed

XCode 4不喜欢尝试使用PPC架构进行编译，因此您需要尝试停止尝试：

env ARCHFLAGS="-arch i386 -arch x86_64" python setup.py install

（免责声明：我无法测试这个，因为BioPython在我的10.6.7机器上构建得很好......）

您可能会对来自http://biostar.stackexchange.com的任何未来BioPython问题感到更高兴。

Answer 2

安装biopython的最简单方法是使用Anaconda。从Continuum网站（http://continuum.io/downloads）下载最新版本，安装包然后转到终端并更新conda和anaconda（只是为了安全起见，你拥有所有新包）。所以，这样做：

conda update conda
conda update anaconda

然后您就可以使用以下命令安装biopython：

conda install biopython

那就是它。打开Anaconda并启动一个IPython笔记本。要查看biopython是否有效，请执行以下操作：

from Bio.Seq import Seq
my_seq = Seq("AGTACACTGGT")
my_seq
如果你的序列恢复正常，那就可以了。

Answer 3

Apple的新版X Code似乎存在问题，影响其他Python库，如NumPy。

请参阅此主题，其中建议的简单解决方案是卸载X Code 4，安装Xcode 3，然后选择重新安装XCode 4.

http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython/2011-June/007320.html

在安装biopython包时遇到麻烦

3 个答案: