Question

我正在创建一个蛇形管道，在某处可以过滤结果。但是我可以应用两种过滤器，因此我想在启动pipelin时将其作为参数，然后根据该参数，我想应用一个规则或另一个规则。

例如：

snakemake --snakefile my_pipeline.sm --config filter=${1}

其中过滤器可以为Hard或Soft

my_pipeline.sm符合4条规则：

rule A:
    input:
          A.bam
    outpu:
          A.vcf
    shell:
          "do.something"

rule B:
    input:
         A.vcf
    output:
         A.hard_filtered.vcf
    shell:
         "do.something"

rule C:
    input:
         A.vcf
    output:
         A.soft_filtered.vcf
    shell:
         "do.something"

rule D:
    input:
         A.*_filtered.vcf
    output:
         A.annotated.vcf
    shell:
         "do.something"

如果过滤器参数为rule B，是否仍要执行Hard，如果过滤器参数为rule C，则要执行Soft；而不是在唯一规则的shell命令中执行条件子句？我在snakemake手册中找不到此信息。

Answer 1

Snakemake具有称为ruleorder的功能。这使您可以消除规则的歧义。例如，在您的代码中（这行不通，但假设已更正），您有两个相等的分支来完成目标文件：

A.bam-> A.vcf-> A.hard_filtered.vcf-> A.annotated.vcf
A.bam-> A.vcf-> A.soft_filtered.vcf-> A.annotated.vcf

Snakemake将抱怨它不知道要选择哪个分支。可以通过以下方式解决此问题：

ruleorder: rule1 > rule2

现在，Snakemake总是比Rule2更喜欢rule1。

您可以根据配置（来自文件或命令行）定义两种不同的顺序。下面是我的简化代码示例。

configfile: "config.yml"

if config["filtering"] == "soft":
    ruleorder: annotate_soft > annotate_hard
else:
    ruleorder: annotate_hard > annotate_soft

rule all:
    input:
        "A.annotated.vcf"

rule hard:
    input:
        "A.vcf"
    output:
        "A.hard_filtered.vcf"
    shell:
        "echo 'hard' > {output}"

rule soft:
    input:
        "A.vcf"
    output:
        "A.soft_filtered.vcf"
    shell:
        "echo 'soft' > {output}"

rule annotate_hard:
    input:
        "A.hard_filtered.vcf"
    output:
        "A.annotated.vcf"
    shell:
        "cp {input} {output}"

rule annotate_soft:
    input:
        "A.soft_filtered.vcf"
    output:
        "A.annotated.vcf"
    shell:
        "cp {input} {output}"

有条件地执行一条规则或另一条规则，具体取决于赋予蛇形管道的参数

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