scipy.sparse默认值

时间:2011-06-06 18:10:01

标签: python scipy sparse-matrix

稀疏矩阵格式(dok)假设不在字典中的键的值等于零。有没有办法让它使用零以外的默认值?

另外,有没有办法计算稀疏矩阵的日志(类似于常规numpy矩阵中的np.log)

1 个答案:

答案 0 :(得分:8)

该功能不是内置的,但如果你真的需要这个功能,你应该能够编写自己的dok_matrix类,或者是Scipy的类。 Scipy实现在这里:https://github.com/scipy/scipy/blob/master/scipy/sparse/dok.py至少在进行dict.*调用的地方,需要更改默认值---可能还需要进行其他一些更改。< / p>

但是,我会尝试重新解决问题,以便不需要这样做。例如,如果你做线性代数,你可以隔离常数项,而不是

from scipy.sparse.linalg import LinearOperator
A = whatever_dok_matrix_minus_constant_term
def my_matvec(x):
    return A*x + constant_term * x.sum()
op = LinearOperator(A.shape, matvec=my_matvec)

对于大多数线性代数例程(例如迭代求解器),您可以传入op而不是A

关于矩阵对数:稀疏矩阵的对数(如scipy.linalg.logm中所示)通常是密集的,因此您应该首先将矩阵转换为密集矩阵,然后像往常一样计算对数。据我所知,使用稀疏矩阵不会带来任何性能提升。如果你只需要计算向量的乘积和对数log(A) * v向量,那么一些Krylov方法可能会有所帮助。

如果OTOH想要以元素方式计算对数,您可以直接修改.data属性(至少在COO,CSR和CSC中可用)

x = A.tocoo()
x.data = np.log(x.data)
A = x.todok()

这样就留下了零元素,但如上所述,这允许单独处理常量部分。