Question

由于R中的termplot函数包含一些令我烦恼的错误的奇怪代码，我想在我自己的测试代码中覆盖它，直到我找到一个更永久的解决方案。问题是mgcv包未加载更改的功能。 mgcv包使用NAMESPACE文件中的importFrom()从其命名空间中的stats包加载termplot。

我怎样才能说服mgcv使用改变的termplot？我试过了：

unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
assign("termplot", my.termplot, as.environment("package:stats"))
lockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))

当应用于lm-objects时，这个工作并且使用改变的termplot。但是当使用mgcv包生成的gam-object时，这不起作用。如果可以避免的话，我真的不打算从源代码构建stats包......

为了澄清，我也试过

assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="stats")
assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="mgcv")

在所有可能的组合中，在附加mgcv之后，在附加mgcv之后，我无法使其正常工作。

编辑：

我尝试了这里给出的所有选项（除了重建任何一个包），并且无法让它工作。对我来说简单的方法是使用包装函数。可以找到该讨论here。感谢您的所有提示。

可重现的例子：

my.termplot <- function (x) print("my new termplot")

  unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
  assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="stats", envir=as.environment("package:stats"))
  assign("termplot", my.termplot, as.environment("package:stats"))
  lockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))


y <- 1:10
x <- 1:10
xx <- lm(y~x)
termplot(xx)
require(mgcv)
dat <- gamSim(1, n = 400, dist = "normal", scale = 2)
b <- gam(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + x3, data = dat)
plot(b,all=TRUE)

plot.gam为非平滑术语（本例中为x3）调用termplot，但未能找到新的termplot函数。

EDIT2：显然，我的例子有效。我现在看到我解决了自己的问题：在第一个代码中，我没有在assignInNamespace中添加命名空间和包。重要的是要记住在加载其他包之前更改命名空间和包中的功能。感谢@hadley指出我正确的方向，@ Mayk用于测试代码并报告它的工作原理，剩下的就是努力回答。

Answer 1

我很难过 - 我无法弄清楚plot.gam如何定位termplot - 据我所知，它并没有使用普通的范围规则。这似乎需要对名称空间的理解比我目前所拥有的更深入。

my.termplot <- function (x) print("my new termplot")

# where is it defined?
getAnywhere("termplot")
# in package and in namespace

unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
assign("termplot", my.termplot, "package:stats")

unlockBinding("termplot", getNamespace("stats"))
assign("termplot", my.termplot, getNamespace("stats"))

getAnywhere("termplot")[1]
getAnywhere("termplot")[2]
# now changed in both places

y <- 1:10
x <- 1:10 + runif(10)
xx <- lm(y ~ x)
termplot(xx) # works

library("mgcv")
b <- gam(y ~ s(x), data = data.frame(x, y))
plot(b) # still calls the old termplot

# I'm mystified - if try and find termplot as
# seen from the environment of plot.gam, it looks 
# like what we want
get("termplot", environment(plot.gam))

Answer 2

尝试覆盖您正在调用的函数termplot。我猜这是plot.gam包中的mgcv。

首先加载必要的包。

library(mgcv)

这是您的备用termplot函数，已添加到stats命名空间。

my.termplot <- function (model, ...) 
{
  message("In my.termplot")
}

unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
assign("termplot", my.termplot, as.environment("package:stats"))
lockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))

同样，这是包装函数，添加到mgcv命名空间。

my.plot.gam <- function (x, ...) 
{
  message("In my.plot.gam")
  my.termplot()
}

unlockBinding("plot.gam", as.environment("package:mgcv"))
assign("plot.gam", my.plot.gam, as.environment("package:mgcv"))
lockBinding("plot.gam", as.environment("package:mgcv"))

以下是一个测试它的示例，取自?gam。

dat <- gamSim(1, n = 400, dist = "normal", scale = 2)
b <- gam(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + s(x3), data = dat)
plot(b)

Answer 3

我认为trace（）函数会自动执行上面尝试的操作。做：

trace('termplot', edit='gedit')

其中'gedit'是文本编辑器的名称。编辑器将打开原始代码，您可以粘贴您想要的任何替换代码。

要返回原始版本，只需取消（'termplot'）

警告：当文本编辑器打开了许多文件并且它不起作用时，我尝试使用它。所以我使用'gedit'，我的系统上的文本编辑器，我不经常使用。这样我相信R会打开一个'gedit'的新实例。

我不肯定这会有所帮助，但我认为这值得一试。有命名空间时的搜索顺序真的令人困惑。

覆盖在命名空间中导入的函数

3 个答案: