使用R或Excel重叠图形

Question

我有以下矩阵，我想用R（最好）或Excel绘制重叠图。

    a       b       c
a   1       0.5     0.7
b   0.5     1       0.4
c   0.7     0.4     1

例如，上表显示a和b有50％重叠，而a和c有70％。

Answer 1

如果您想要重叠，那么您错过了一个数字 - 重叠所有三个：a，b，c。

Aniko写评论你可以使用维恩图，例如Vennerable from R-forge

安装需要BioConductor的一些软件包：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable"))
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")

您正确准备数据：

require(Vennerable)
x <- Venn(
    SetNames = c("a", "b", "c"),
    Weight = c(`100`=1,   `010`=1,   `001`=1,
               `110`=0.5, `101`=0.7, `011`=0.4,
               `111`=.5) # I made this up cause your question miss it
)

瞧瞧：

plot(x, doWeights=TRUE)

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一些额外的解释。

Vennerable包的数据结构需要提供集合名称（在您的案例中为"a"，"b"，"c"）以及每个相交的频率/比例。此0/1名称标识子集：1表示“在集合中”，0表示“未在集合中”。例如：

• 100表示a，不在b，不在c，
• 011表示不在a，b，c

所以111表示所有三个集合，在矩阵中缺少，并且无法在那里添加。对于你的样本数据，当＆amp; b有0.7重叠而b＆amp; c有0.4意味着至少0.1同时有三组（或者我错过了这个数字的解释）。 （注意：我认为我高估了0.5，因为它应该低于0.4）

您可以在创建矩阵之前将数据准备到维恩图，例如：

X <- list(
    a = c("One", "Two", "Three"),
    b = c("One", "Three", "Four", "Five", "Seven"),
    c = c("Three", "Five", "Eight", "Nine", "Ten")
)

x <- Venn(X)
x
# A Venn object on 3 sets named
# a,b,c 
# 000 100 010 110 001 101 011 111 
#   0   1   2   1   3   0   1   1 
plot(x, doWeights=TRUE)