Question

我有两个数据帧

第一个（A）：

第一个col是“行名”

                          GTEX-11DXY-0426-SM-5H12R   GTEX-11EQ8-0826-SM-5N9FG [...30]
ENSG00000223972.4                        0                        1
ENSG00000227232.4                      663                      802
ENSG00000243485.2                        0                        1
ENSG00000237613.2                        0                        0
ENSG00000268020.2                        0                        1
ENSG00000240361.1                        3                        0

它将继续以相同的格式显示30列

我想根据另一个数据框列的顺序对其进行排序，如下所示：

> head(targets10)
# A tibble: 6 x 7
# Groups:   Group [1]
  Sample_Name Grupo_analisis body_site molecular_data_~ sex   Group

1 GTEX-11XUK~              3 Thyroid   RNA Seq (NGS)    fema~ ELI  
2 GTEX-R55G-~              3 Thyroid   RNA Seq (NGS)    fema~ ELI  
3 GTEX-PLZ4-~              3 Thyroid   RNA Seq (NGS)    fema~ ELI  
4 GTEX-14AS3~              3 Thyroid   RNA Seq (NGS)    fema~ ELI  
5 GTEX-14BMU~              3 Thyroid   Allele-Specific~ fema~ ELI  
6 GTEX-13QJC~              3 Thyroid   Allele-Specific~ fema~ ELI  
# ... with 1 more variable: ShortName <fct>

Sample_Name列的名称与数据框A中各列的标题相同。

我希望它们具有相同的顺序，因此数据帧A中的第一列是target10 $ Sample_Name中的第一行

我尝试了以下操作：

library(data.table)
setDT(countdata)
setcolorder(countdata, as.character(coldata$Sample_Name))

它可以正常工作，但是从数据框中删除了我的rownames，我需要他们留下来！！

请帮助我

非常感谢

Answer 1

无需考虑您的数据是否被打乱并计划成为data.tables，这适用于普通data.frames：

A <- data.frame(id = LETTERS, c = rnorm(26), d=rnorm(26), a = 1:26, b = 26:1)
B <- data.frame(sample = c("a", "b", "c", "d"), ignore =rnorm(4))

new.A <- cbind(A$id, A[,B$sample])
head(new.A)

修改

仅实现的id不在列中，而在行名中。使此方法更加容易：

A <- data.frame(c = rnorm(26), d=rnorm(26), a = 1:26, b = 26:1)
rownames(A) <- LETTERS
B <- data.frame(sample = c("a", "b", "c", "d"), ignore =rnorm(4))

new.A <- A[, B$sample]
head(new.A)

Answer 2

您可以这样做：

dput(dfB$Sample_Name)，它将Sample_Name列的值打印到您的控制台。然后，您可以复制输出，然后执行：

library(dplyr)
dfA <- dfA %>%
  select("GTEX-11XUK", "GTEX-R55G", etc...)

或者像Gregor所说的那样不那么笨拙：

dfA <- dfA %>%
  select(all_of(dfB$Sample_Name))

R-重新排序数据帧，保持第一列

2 个答案: