拟合coxph模型时如何解决内存错误

时间:2020-05-14 12:07:01

标签: r memory memory-management cox-regression

我正在使用cox模型,并且随着我添加更多变量,我正面临这个内存问题。我试图通过选择具有变量的certailn列来对我的数据帧进行子集设置,但是即使那样我也面临着这个问题。我的数据约有451,557个观测值和17个变量。 70%以上的变量是类别(字符串)。是因为这个吗?

> coxdf_2<- coxph(surv_df ~ NS_group + age_at_recruitment + Gender + Alcohol_drinking  + Smoking + Diabetes + BMI +  +Hypertention ,method="breslow", data = DFMODEL)
Error: cannot allocate vector of size 16.1 Gb

> coxdf_3<- coxph(surv_df ~ NS_group + SOC+ towndep_I +Education+age_at_recruitment + Gender + Alcohol_drinking  + Smoking + Diabetes + BMI +  +Hypertention ,method="breslow", data = DFMODEL)

Error: cannot allocate vector of size 24.4 Gb

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