vsearch-具有多线程功能的集群

时间:2020-05-04 10:05:45

标签: bash bioinformatics

我有几个要使用vsearch(https://github.com/torognes/vsearch)进行群集的fasta文件,并保存一个“质心文件” “聚类结果文件” 每个Fasta文件。

由于我有很多文件,因此我计划利用vsearch的多线程功能,并在下面编写了循环:

#!/bin/bash
# input fasta files
fastaFile=*.fasta

# vsearch cluster_fast loop
for f in $fastaFile
do
    vsearch --cluster_fast \
    $f \
    --id 1 \
    --qmask none \
    --centroids $f.$centroids.txt \
    --uc $f.uc.txt
done

不幸的是,似乎一次在每个fasta文件上使用了多线程,但我不知道如何在vsearch之外组织并行化。

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