计算不包含特定单词的特定行

Question

请问我一个问题：我有一个这样的文件

@HWI-ST273:296:C0EFRACXX:2:2101:17125:145325/1
TTAATACACCCAACCAGAAGTTAGCTCCTTCACTTTCAGCTAAATAAAAG
+
8?8A;DDDD;@?++8A?;C;F92+2A@19:1*1?DDDECDE?B4:BDEEI
@BBBB-ST273:296:C0EFRACXX:2:1303:5281:183410/1
TAGCTCCTTCGCTTTCAGCTAAATAAAAGCCCAGTACTTCTTTTTTACCA
+
CCBFFFFFFHHHHJJJJJJJJJIIJJJJJJJJJJJJJJJJJJJIJJJJJI
@HWI-ST273:296:C0EFRACXX:2:1103:16617:140195/1
AAGTTAGCTCCTTCGCTTTCAGCTAAATAAAAGCCCAGTACTTCTTTTTT
+
@C@FF?EDGFDHH@HGHIIGEGIIIIIEDIIGIIIGHHHIIIIIIIIIII
@HWI-ST273:296:C0EFRACXX:2:1207:14316:145263/1
AATACACCCAACCAGAAGTTAGCTCCTTCGCTTTCAGCTAAATAAAAGCC
+
CCCFFFFFHHHHHJJJJJJJIJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJIJ

我

我对以'@HWI'开头的行很感兴趣，但是我想计算所有不以'@HWI'开头的行。在所示示例中，结果为1，因为只有一行以'@BBB'开头。

更清楚地说：我只想知道不是'@HWI'的模式的第一行的数目（重复的4行）；我希望我足够清楚。请告诉我是否需要进一步澄清

Answer 1

使用GNU sed，您可以使用其扩展地址打印每四行，然后使用grep计数不以@HWI开头的行：

sed -n '1~4p' file.fastq | grep -cv '^@HWI'

否则，您可以使用Perl

perl -ne 'print if 1 == $. % 4' -- file.fastq | grep -cv '^@HWI'

$.包含当前行号，%是模运算符。

但是一旦我们运行了Perl，我们就不再需要grep了：

perl -lne '++$c if 1 == $. % 4; END { print $c }' -- file.fastq

-l从输入中删除换行符，并将其添加到输出中。