R中RNA seq分析的线性回归

Question

我想对多个文件的RNA seq数据进行线性回归分析，而无需任何复制和控制。我不想与控件进行比较，我想基本上运行线性回归。例如，我有100个配对的100个不同品种的最终输入文件。每个品种有25种不同的化合物浓度。例如，我有每种化合物的数据集，其中列出了所有品种中其浓度，因此我有25个这样的excel文件。我正在使用salmon创建TPM值，然后要测试自变量（每个化合物是所有100个品种的向量）和因变量作为所有品种的TPM值之间的回归关系。我已经使用鲑鱼建立了quantum.sf文件中的TPM值，并且我想在R中执行线性回归分析。您能帮我做些什么。

在此先感谢您的任何建议/评论/指导！

Answer 1

如果包含一个简单的可重现示例（https://stackoverflow.com/help/minimal-reproducible-example），则可以为您提供帮助。如果我对您的理解正确，那么您会问如何运行线性回归：

 model1 <- lm(Petal.Length ~ Petal.Width, data = iris)
 summary(model1)

我会从这里开始，然后当您完成初始回归并在数据上运行后，重新访问其余问题（例如，对多个文件执行）。