在服务器上共享Jupyter笔记本

时间:2020-03-12 18:12:52

标签: jupyter-notebook

我制作了一个jupyter笔记本,可以读取hdf5文件并使用一些功能来分析数据。我想将这个jupyter笔记本放在包含不同hdf5文件的服务器上,并将其提供给在其他地方工作的人们使用。功能的一个例子是查看样品中某些基因的表达。那些人可以打开这个jupyter笔记本并添加要查看的特定基因的列表。 我正在看JupyterLab,但可以看到人们可以阅读和修改笔记本。我希望即使他们进行了修改,完成后笔记本仍会像打开前一样。您认为有可能这样做吗?我想我可以使用“只读”在本地完成此操作,但是我不知道如何在jupyterLab上执行此操作。

我是与服务器相关的新手。非常感谢您的帮助和建议。

非常感谢:)

1 个答案:

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一些建议:

您可以通过GitHub之类的代码共享资源提供笔记本,并让他们克隆/复制/下载使用他们认为合适的笔记本电脑。这样可以确保他们不会更改您的源笔记本。而且您不必担心计算资源,因为他们可以在自己喜欢的集群或云中心等任何地方运行它。

通常,我建议您使用https://mybinder.org/上的MyBinder项目,因为它可以共享在远程服务器上启动的临时活动会话。您可以使用笔记本和数据来建立一个Github存储库,或者使用一种方法来检索笔记本中内置的数据,并且在临时会话启动时,用户可以浏览笔记本。这样,他们可以扩展,修改和运行自己的数据,而无需更改源笔记本。但是,资源是有限的,因为它是免费的,请参见here

示例:

我见过其他人使用Code Ocean,请参见示例here

还有其他国家/政府资助的中心,它们允许类似的服务和资源托管,并可以与他人共享。 CyVerse是目前在美国和其他地方运行的一种软件,例如CyVerseUK与Earlham Institute和elsewhere相关。他们在自己的Discover环境中通过VICE apps提供笔记本电脑。与免费的公共MyBinder服务相比,它们的资源可提供更多的计算能力和存储空间。