Question

这就是我在做什么：

从文件中加载稀疏矩阵。
提取在此稀疏矩阵中具有值的索引（行，行）。
使用这些索引和值进行进一步的计算。

当我在R命令提示符下执行步骤时，此方法工作正常。 但是，当在包的函数中完成操作时，步骤2会引发以下错误：

Error in which(matA != 0, arr.ind = TRUE) :
  argument to 'which' is not logical

这是带有示例的示例代码：

matA <- as(Matrix(c(0,1,2,1,0,0,3,0,2), nrow=3, ncol=3), "sparseMatrix")  # Step 1
nz <- which(matA != 0, arr.ind = TRUE)  # Step 2

> nz
     row col
[1,]   2   1
[2,]   3   1
[3,]   1   2
[4,]   1   3
[5,]   3   3

在我的情况下，加载的矩阵的类型为：dsCMatrix，dgCMatrix。

class(matA != 0): lsCMatrix

我不明白为什么这会导致错误。

请注意以下几点：

无法共享转储的稀疏矩阵文件。因此显示了通过为步骤1创建虚拟矩阵的示例。
稀疏矩阵的维数很大。因此，将稀疏矩阵转换为规则矩阵会超出内存限制。

库：我正在使用的程序包提及以下库：

Suggests: 
    testthat (>= 2.1.0),
    knitr,
    rmarkdown
Imports: 
    irlba,
    text2vec,
    dplyr,
    magrittr,
    Matrix,
    readr,
    rlang,
    data.table,
    stringr,
    here

Answer 1

您需要加载库Matrix，可能是程序包未加载它。请参见下面的示例：

library(Seurat)
mat = pbmc_small@assays$RNA@counts
class(mat)
[1] "dgCMatrix"
attr(,"package")
[1] "Matrix"

which(mat>0)
Error in which(mat > 0) : argument to 'which' is not logical

library(Matrix)
head(which(mat>0,arr.ind=TRUE))
         row col
CD79B      2   1
HLA-DQB1   6   1
LTB        9   1
SP100     12   1
CXCR4     23   1
CD3D      31   1

如果已经加载了Matrix，则可能是被某种方式屏蔽的Matrix :::。您可以这样做：

Matrix::which(mat>0)

错误：稀疏逻辑矩阵“ {为'哪个'不是逻辑'的参数”

1 个答案: