使用自定义功能编织RMD文件时出现问题

时间:2020-03-02 02:49:01

标签: r knitr

我正在使用here中的自定义函数来计算ggplot条形图中误差线的标准偏差。它与我刚运行代码时完全一样,但是当我编织rmd文件时,它返回“错误:无法重命名不存在的列。x长度”不存在。

该功能的代码为:

summarySE <- function(data=NULL, measurevar, groupvars=NULL, na.rm=FALSE,
                      conf.interval=.95, .drop=TRUE) {
  library(plyr)

    length2 <- function (x, na.rm=FALSE) {
        if (na.rm) sum(!is.na(x))
        else       length(x)
    }

    datac <- ddply(data, groupvars, .drop=.drop,
      .fun = function(xx, col) {
        c(N    = length2(xx[[col]], na.rm=na.rm),
          mean = mean   (xx[[col]], na.rm=na.rm),
          sd   = sd     (xx[[col]], na.rm=na.rm)
        )
      },
      measurevar
    )

    datac <- rename(datac, c("mean" = measurevar))

    datac$se <- datac$sd / sqrt(datac$N)


    ciMult <- qt(conf.interval/2 + .5, datac$N-1)
    datac$ci <- datac$se * ciMult

    return(datac)
}

然后返回错误的行是:

errorbars <- summarySE(lengths_data, measurevar = "Length", groupvars=c("Site","Animal"))

其中“ lengths_data”是我自己的数据集,具有“ Length”,“ Animal”和“ Site”列。我不确定是什么原因导致了编织错误,但是在运行代码时并没有引起任何问题。有什么想法吗?

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