R Venn Diagram包尊贵不可用 - 替代包裹?

时间:2011-05-15 15:08:04

标签: r area venn-diagram

我需要用至少5个变量绘制面积比例的维恩图。

我尝试安装Vennerable包,但它不再可用了。 Link to windows build doesn't work (page not found)

是否有其他包裹?

5 个答案:

答案 0 :(得分:8)

2007年最新更新的源文件可以从Sourceforge下载为tar.gz文件:

http://sourceforge.net/projects/vennerable/files/R%20Source%20package/1.1.1.1/Vennerable_1.1.1.1.tar.gz/download

更好的是,可以使用SVN从R-Forge检出更新(编辑:和已损坏)的源文件(最近一次更新于2009年) :

svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/vennerable

你能用Rtools自己构建吗? Linux x86_64构建日志表明晕影有问题导致构建失败,并且源tar.gz和二进制文件不可用。也许在没有小插图的情况下自己构建它会起作用。该软件包最近更新于19个月前,因此目前似乎没有维护。

修改

似乎R-Forge的最新版本打破了包裹。 compute.Venn()函数存在问题,许多测试失败。为x86_64架构,我为Sourceforge构建了Venerable_1.1.1.1修订版。您可以在以下网址下载:

http://commondatastorage.googleapis.com/jthetzel-public/Vennerable_1.1.1.1.zip

我实际上没有对该软件包进行过测试,但它已成功安装并加载到Windows 7上的R 2.13.0 x86_64中。如果您还有其他问题,可以通过电子邮件发送软件包的作者Jonathan Swinton,他的电子邮件将是在zip存档中的DESCRIPTION文件中找到。

请注意,很少正确使用所有大写字母来引用DESCRIPTION文件,该文件因大概是历史原因而被命名(尽管如果有人有明确的解释,我会感兴趣)。除非你特意打算提高SO社区的收缩压,否则大多数其他用途的所有上限都是不受欢迎的。

答案 1 :(得分:5)

按照:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")       
biocLite("graph")       
biocLite("RBGL")       
biocLite("RColorBrewer")       
biocLite("gtools")       
biocLite("reshape" 
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") 

答案 2 :(得分:4)

看看CRAN(R套餐的地方)至少展示了两个有希望的套餐:VennDiagram和venneuler。

答案 3 :(得分:2)

Vennerable 3.0可用。例如,可以从R内下载   install.packages(“Vennerable”,repos =“http://R-Forge.R-project.org”)

答案 4 :(得分:1)

彻底的检查导致了这个bioinformatics engine,其性能比迄今为止维恩图的可用R包更高。它由比利时作家 Lieven Sterck (lieven.sterck@psb.vib-ugent.be)用来自根特大学的Perl编写。

webtool 不仅生成请求图表的输出(如果输入包含5组或更少,已经超过了大多数可用于维恩图的R软件包的功能),还会生成文本文件列表每个交叉点组中包含的元素用于详细检查。即使对于超过5组的比较,也可以生成列表,尽管不是这样的几何图。此外,该webtool还以表格形式输出每个数据集的元素总数,以确认唯一条目。

唯一缺失的功能:加权选项相当于" Chow-Ruskey"在Vennerable R软件包中,但是它似乎遇到了一些问题(除了上面提到的片状安装之外)在数据框中为重叠提供的最后一个组列表中添加了一个额外的元素。 Vennerable(以及相同的其他包)只生成一个带有组标签和数字的图形,每个交叉点包含的元素,而不是列出它们。维恩图和交叉口数据一般虽然原则上简单,但对于说明多维数据集的覆盖率非常有用。生物数据只是为了提供一个例子。